计算机辅助药物设计（Computer-aided drug design）是一门利用计算机模拟来应用于药物设计的交叉学科。其实在现代药物研发过程中，计算机已经是必不可少的一个手段了。早期靶标识别，苗头分子的发现，蛋白小分子复合物结构解析，化合物的优化都需要计算机来实现。如果你要读纯CADD方向的PHD的话，至少要在开发算法上有所突破。
前景还可以，看你以后能学到什么程度，可以去制药公司，国外做博后，或是去一些互联网企业开发算法。
本科一些学校会开设CADD的课程，但是一般都是讲的很浅显，如果没有在相关实验室学习过的话对于本科生来说会很抽象。
和药物化学专业比的话各有优势，视个人情况而定。如果你是要以后转向互联网的话，CADD可以作为一个过渡。如果你以后只是想在制药行业的话，两者都是不错的选择，一方面药物化学是负责化合物的改造和优化，是早期药物研发中最为核心的部分，而CADD其实只是辅助，但你也可以通过它了解药物研发的完整流程，平时注意积累实验技术相关的知识。
考研的话对计算机水平应该没什么要求（只是个人猜测，因为大部分要考这个方向的都是药学出身，很少有编程背景），主要还是要看你以后的努力程度，如果决定要读这个方向的话可以先学习Linux操作环境以及一门脚本语言。同时看一些简单的中文书籍如徐筱杰的《计算机辅助药物设计》了解一些最基础的，