硕士论文不那么重要，看专业吧，如果对实验操作要求高的，可能有些麻烦。博士是不那么难考的，但是毕业压力大，不只是导师，自己也压力大，可以根据自己的实际情况选择。

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建议你先看学校官网的招生简章上有没有什么硬性要求。若没有，那就再联系导师，说明情况，看老师态度。