所以到底要谁为通讯作者呢，最好一样吧，我之前投的论文里投稿系统可以设置的，自己的账号也可以设置老师为通讯作者

of course

这个要看投稿系统怎么设置的吧，有些投稿系统必须一致。

作者署名以手稿为准，因此可以这么做，不过建议楼主在投稿系统中把合作作者都加上为好。

可以这样啊    我们投有时候也这样

有些期刊可以，有些期刊要求系统中的作者与稿件中的作者完全一致。