Zhang et al (1999)    Zhang et al (2017)如果年份也重了，那你可以分成两句话。e.g.  Zhang et al (2017) showed that…  while Zhang et al (2017) confirmed that … 如果他们研究的内容也重了，呵呵，你可以举报他们抄袭，学术不端

哈哈，你也是醉了

如果参考文献不一样就不难区分。

区分是不是一个人，是看你标注的。
有些人可能误解你的意思，你的问题是已经知道了这两个zhang不是同一人（其实同一人不同文章也要区分开）。
正文里的作者要（年份）和参考文献对应的，一旦对应上，别人就不会搞错了。
如果作者都是一个（如你表示），就看年份（你遗漏了）；如果年代相同，就要标出2017a,2017b等，就是年份后加字母。在文献部分的年份出也要标出a或b。如果都是三名以上作者，用Zhang et al. (2017),其他同前。
如果作者人数是一个，另一个是多个，用姓就区别了。Zhang （2017）， Zhang et al.(2017).
有些刊物要求两名作者是都要写，这样就更不容易混了。
最后，用你提到的[1][2]区分也是可以的，但是国内刊物多是如此，国外刊物很少用顺序编码法，