大家好！我是博士新手，之前没有做过分子生物，硕士做过最深的就是DGGE。本科又是化学师范专业，生物分子基础几乎没有。现在要研究一个目的基因在两个品种之间的表达差异。需要对植物内的这个基因进行cDNA全长克隆。
目前有目的基因的一段转录组测序结果，打算用Clontech的SMARTer RACE试剂盒。试剂盒说明书看了，也在网页上搜了一些资料，但GSP引物怎么设计还是一头雾水。  不知道转录组测序结果中的基因碱基序列的顺序就是按照5'到3'的顺序来排的吗？
之前通过自己努力，做了荧光定量PCR，用Primer 5.0 软件设计跨内含子引物成功了！但这个GSP引物设计是真的做不来！！！！绝望中。。。。。
希望做过的大牛提供帮助。
PS：转录组序列我已经在NCBI上进行过比对，找到了相似基因，99%相似度。相似基因大约1Kb对点。附件为试剂盒说明书。

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