Dyes and Pigments 杂志的回修意见是回给编辑还是审稿人呢？

审稿意见的回复是回给审稿人。

回复的时候是另外写一个response letter还是cover letter呢，意见需要列出来一条条回复的话，文章内容需要修改的地方直接标黄显示再上传可以吗？

一般是另外写一份cover letter，一份Response。意见需要一条条罗列，采用一问一答点对点的方式，修改的部分可以标注（我一般用红色，比较醒目）后上传。