不可以的

回来再修改不就是了

可以吧，虽然给人印象不太好，等返回修改时就改过来

投稿系统里谁是通讯作者无所谓，但是你正文的word文档中只要是对的就可以了。
现在大部分出版社也都知道这个情况，一般允许第一作者（学生）在投稿的时候负责往来的通讯，在最后校对的时候只要是对的就可以了。
有些杂志社可能会比较严格，如果发现通讯作者不统一的话会在审稿之前退回来让你重新投。

所以楼主首先需要确定一下，你的正文中的通讯作者是不是你老板，如果是的话，那我觉得基本可以不用管了，