直接。间接只给依托单位

预算编制说明中编制内容第14条：

（14）合作研究资金
有多个单位共同承担一个项目的，依托单位的项目负责人（或申请人）和合作研究单位参与者应当根据各自承担的研究任务分别编报资金预算，经所在单位科研、财务部门审核并签署意见后，由项目负责人（或申请人）汇总编制。其中，间接费用按项目统一测算，并明确各承担单位的金额。

建议楼主向基金委咨询，

谢谢楼上两位虫友的解答。刚问了基金委，20%是直接经费的，还是间接经费的，由自己决定！

刚咨询过基金委，间接经费到单位后也可以按照比例拨给合作单位