把修改后的研究内容等写在任务书中。

最后再附上对专家评审意见的回复。

我当年就是这么做的

基金委的意见在通知最下面，有修改意见你就改，专家意见完全不用去对照修改，做的过程中参考下就可以。

你在系统中下载的批准通知中，最后一栏学部意见如果是空的，就填按照申请书执行，专家意见再多也不用修改。只是你执行过程中可以参考专家意见，适当调整，在每年的年度进展报告中写上你的调整。