丛枝菌根菌孢子萌发产生菌丝具有侵染植物根的能力。
在纯化或繁殖菌根真菌时，一般用孢子直接接种植物幼苗根表，随着植物根系生长发育，AM真菌通过孢子萌发芽管菌丝侵入根皮层细胞间隙或细胞内以至于侵染大部分根组织。在AM真菌与植物转型根的离体双重培养体系中，可以实时观测到侵染各阶段的过程。

在发根培养基上接种菌根真菌孢子是可以直接侵染发根，建立共生体系！

纯培养条件下，孢子可以萌发！但不能完成其生长周期