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lammps 怪现象

作者 yiha
来源: 小木虫 150 3 举报帖子
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各位好:
         模拟中有水分子,dump采用xyz输出,边界的水分子被打散,运行一段时间,vmd显示水分子始终在盒子内,但同样的条件运行,采用xuyuzu输出,边界的水分子完整,没有被打散,但运行后,显示水分子跑出盒子,请问怎么回事,如何解决这一问题? 返回小木虫查看更多

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  • 精华评论
  • jiaoyixiong

    好好看看这里:http://lammps.sandia.gov/doc/dump.html

    先搞明白xuyuzu    xyz  是什么意思

  • yiha

    谢谢回复,xu yu zu是原子的真实坐标,x y z是映像后的坐标,所以xu输出,原子会跑出盒子,但是在模拟结果中,一水分子的O H H的x坐标分别为12.0143,11.9941,0.882,对应的xu坐标分别为0.1373,0.1171.0.882,盒子尺寸11.877,采用xyz输出边界水分子被打散,xuyuzu输出就保持完整,那与上面的xu yu zu是原子的真实坐标,x y z是映像后的坐标就成矛盾了,想问哪里出错了,

  • blueybz

    好像不矛盾啊,这不是正好符合吗。

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