各位好: 模拟中有水分子,dump采用xyz输出,边界的水分子被打散,运行一段时间,vmd显示水分子始终在盒子内,但同样的条件运行,采用xuyuzu输出,边界的水分子完整,没有被打散,但运行后,显示水分子跑出盒子,请问怎么回事,如何解决这一问题? 返回小木虫查看更多
好好看看这里:http://lammps.sandia.gov/doc/dump.html 先搞明白xuyuzu xyz 是什么意思
谢谢回复,xu yu zu是原子的真实坐标,x y z是映像后的坐标,所以xu输出,原子会跑出盒子,但是在模拟结果中,一水分子的O H H的x坐标分别为12.0143,11.9941,0.882,对应的xu坐标分别为0.1373,0.1171.0.882,盒子尺寸11.877,采用xyz输出边界水分子被打散,xuyuzu输出就保持完整,那与上面的xu yu zu是原子的真实坐标,x y z是映像后的坐标就成矛盾了,想问哪里出错了,
好像不矛盾啊,这不是正好符合吗。
好好看看这里:http://lammps.sandia.gov/doc/dump.html
先搞明白xuyuzu xyz 是什么意思
谢谢回复,xu yu zu是原子的真实坐标,x y z是映像后的坐标,所以xu输出,原子会跑出盒子,但是在模拟结果中,一水分子的O H H的x坐标分别为12.0143,11.9941,0.882,对应的xu坐标分别为0.1373,0.1171.0.882,盒子尺寸11.877,采用xyz输出边界水分子被打散,xuyuzu输出就保持完整,那与上面的xu yu zu是原子的真实坐标,x y z是映像后的坐标就成矛盾了,想问哪里出错了,
好像不矛盾啊,这不是正好符合吗。