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Autodock对接结果的分析的问题求助

作者 晓晓瑶: 来源: 小木虫 350 7 举报帖子

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我是做Autodock，做药物与BSA的对接
我现在还是迷迷糊糊的，想问下对接的意义是什么呢，对接好了后哪些参数是有意义来参考的呢，对接要对出怎样子的一个境界才是好的呢？返回小木虫查看更多

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精华评论

wjmed

分子对接可以获得两方面的信息：
1.binding affinity，autodock获得的是小分子药物与受体的结合自由能
根据 delta G=-RTlnKi，可以推断结合常数
2.binding modes
可以观察小分子药物在受体活性位点中的结合方式，为先导化合物结构修饰提供参考
晓晓瑶

引用回帖:
2楼: Originally posted by wjmed at 2012-07-21 01:11:25
分子对接可以获得两方面的信息：
1.binding affinity，autodock获得的是小分子药物与受体的结合自由能
根据 delta G=-RTlnKi，可以推断结合常数
2.binding modes
可以观察小分子药物在受体活性位点中的结合方式 ...

binding mode在程序里面怎么看啊，我怎么找不到的呢
冰晶石

引用回帖:
3楼: Originally posted by 晓晓瑶 at 2012-07-21 17:18:48
binding mode在程序里面怎么看啊，我怎么找不到的呢...

这个是对接完了以后的dlg文件里面有的
晓晓瑶

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4楼: Originally posted by 冰晶石 at 2012-07-21 18:17:21
这个是对接完了以后的dlg文件里面有的...

我貌似没找见，我再找找看呢，谢谢啊！只看到结合自由能！
zh1987hs

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5楼: Originally posted by 晓晓瑶 at 2012-07-21 23:16:33
我貌似没找见，我再找找看呢，谢谢啊！只看到结合自由能！...

binding mode实际上就是指结合后的构象，就是底物和酶具体是怎么结合的，这个在你用ADT打开dlg文件时，是可以看到的~具体怎么看可以看看AD4的教程
晓晓瑶

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6楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-07-21 23:19:14
binding mode实际上就是指结合后的构象，就是底物和酶具体是怎么结合的，这个在你用ADT打开dlg文件时，是可以看到的~具体怎么看可以看看AD4的教程...

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科妍

引用回帖:
2楼: Originally posted by wjmed at 2012-07-21 01:11:25
分子对接可以获得两方面的信息：
1.binding affinity，autodock获得的是小分子药物与受体的结合自由能
根据 delta G=-RTlnKi，可以推断结合常数
2.binding modes
可以观察小分子药物在受体活性位点中的结合方式 ...

请问知道图上写的问题是什么情况吗？还有我的第二幅图最后两个不知道怎么会是none啊？急求，谢谢

QQ图片20130822143301.jpg

QQ图片20130822144601.jpg

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