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坐标文件判断是fcc，hcp，bcc，sc等结构的算法或者方法

作者 zhang_jaj: 来源: 小木虫 800 16 举报帖子

用towhee模拟ar气低温在界面上的成核行为。出来的结果文件是pdb格式的坐标文件。现在想知道这些原子中哪些部分是固体，哪些部分是液体。还有事固体的怎么来判断结构是fcc还是hcp或者bcc之类的，有什么编程的算法，或者是已有的软件可以判断吗？总感觉用可视化软件直接看的话不是很靠谱啊返回小木虫查看更多

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lr553104284

大致有三种比较流行的方法如下：Pair Analysis, Voronoi Polyhedron, Bond Orientational Order Parameter!可以网上查一查，希望对你有所帮助。
lzl8181

引用回帖:
2楼: Originally posted by lr553104284 at 2012-07-17 21:05:39
大致有三种比较流行的方法如下：Pair Analysis, Voronoi Polyhedron, Bond Orientational Order Parameter!可以网上查一查，希望对你有所帮助。

老兄，小弟编程能力太低，请问有没有相关软件来做这几种分析？特别是Pair Analysis。
zhang_jaj

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2楼: Originally posted by lr553104284 at 2012-07-17 21:05:39
大致有三种比较流行的方法如下：Pair Analysis, Voronoi Polyhedron, Bond Orientational Order Parameter!可以网上查一查，希望对你有所帮助。

你应该比较了解这三种方法吧，能不能简单的点评下这一种方法的适用体系，优劣势，非常感谢！
zhang_jaj

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3楼: Originally posted by lzl8181 at 2012-07-18 11:27:05
老兄，小弟编程能力太低，请问有没有相关软件来做这几种分析？特别是Pair Analysis。...

我也很期待有这样的软件，哈哈
lei0736

http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1796494
8楼
zhang_jaj

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6楼: Originally posted by lei0736 at 2012-07-18 13:25:46
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1796494
8楼

非常感谢
lr553104284

引用回帖:
3楼: Originally posted by lzl8181 at 2012-07-18 11:27:05
老兄，小弟编程能力太低，请问有没有相关软件来做这几种分析？特别是Pair Analysis。...

没有！但是Pair analysis的编程非常简单！所以大可放心！Voronoi法有现成的函数库来计算Voronoi Polyhedron，但是后续的分析还是需要自己设计一定的算法的！尤其是简并处理！清华大学陈民老师课题组就开发了一套简并处理的方法
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