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APBS软件适用范围

作者 hxy2011: 来源: 小木虫 250 5 举报帖子

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APBS软件可不可以分析酶蛋白和氨基酸结合?求高手指教啊返回小木虫查看更多

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精华评论

zh1987hs

你是要做对接还是干啥？APBS的长处不在于计算酶与氨基酸(小肽？)的结合~
hxy2011

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2楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-07-14 09:11:34
你是要做对接还是干啥？APBS的长处不在于计算酶与氨基酸(小肽？)的结合~

我做的只是酶催化丝氨酸成色氨酸的过程，这样是不是只能用Autodock做对接，看能量变化啊？
zh1987hs

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3楼: Originally posted by hxy2011 at 2012-07-14 13:38:06
我做的只是酶催化丝氨酸成色氨酸的过程，这样是不是只能用Autodock做对接，看能量变化啊？...

你要是比较酶对不同底物的结合情况差异，可以用对接，如果你想模拟丝氨酸变成色氨酸的过程，即底物到产物的变化情况，涉及到键的形成或者断裂就得用量化软件了~
comdisc

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4楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-07-15 11:44:25
你要是比较酶对不同底物的结合情况差异，可以用对接，如果你想模拟丝氨酸变成色氨酸的过程，即底物到产物的变化情况，涉及到键的形成或者断裂就得用量化软件了~...

请推荐一些量化软件，能够模拟丝氨酸变成色氨酸的过程，即底物到产物的变化情况，涉及到键的形成或者断裂
，
zh1987hs

引用回帖:
5楼: Originally posted by comdisc at 2013-06-18 17:02:03
请推荐一些量化软件，能够模拟丝氨酸变成色氨酸的过程，即底物到产物的变化情况，涉及到键的形成或者断裂。...

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