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为什么我用AMBER模拟两个小分子可以，三个小分子就不行呢？

作者 903566945: 来源: 小木虫 350 7 举报帖子

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请教高手，如题。两个小分子模拟可以完成，三个小分子就出错。还有就是截断半径和非周期边界大小的问题，有没有人可以给个通俗的解释啊，一般设置多少？返回小木虫查看更多

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小蜗牛8728

请问你两个小分子是怎么模拟的，真空边界吗？照理说两个可以，三个也没问题才是。amber软件要求cutoff至少为8。所以你得考虑你的盒子大小。
903566945

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2楼: Originally posted by 小蜗牛8728 at 2012-07-13 22:19:15
请问你两个小分子是怎么模拟的，真空边界吗？照理说两个可以，三个也没问题才是。amber软件要求cutoff至少为8。所以你得考虑你的盒子大小。

两个小分子是真空下模拟的。请问一下，盒子大小怎么考虑呢？因为我有时候算三个分子的时候提示出错是出界了。
小蜗牛8728

引用回帖:
6楼: Originally posted by 903566945 at 2012-07-16 08:48:36
两个小分子是真空下模拟的。请问一下，盒子大小怎么考虑呢？因为我有时候算三个分子的时候提示出错是出界了。...

真空模拟是不存在盒子的问题的，只有在周期性边界条件的时候才有盒子的问题。你的分子跑出去可能是因为它们之间的相互作用太弱。你可以试试降低积分步长和降低温度试试。假如你发现三个分子永远在一起，但坐标会越来越大的情况，你可以写一个程序把坐标拉回来
，
903566945

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7楼: Originally posted by 小蜗牛8728 at 2012-07-16 11:48:16
真空模拟是不存在盒子的问题的，只有在周期性边界条件的时候才有盒子的问题。你的分子跑出去可能是因为它们之间的相互作用太弱。你可以试试降低积分步长和降低温度试试。假如你发现三个分子永远在一起，但坐标会越 ...

谢谢。