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用gromacs时,糖与肽相连的力场怎么解决?

作者 yuyuping121
来源: 小木虫 650 13 举报帖子
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用gromacs,体系为配体与蛋白的相互作用,配体为糖与多肽的链接物,GROMACS没有直接的力场,用什么方法得到糖肽的力场比较可靠
本人先用的是用高斯-ambertools,最后转化成gromacs可用的力场,合理吗?
还是肽 糖力场分开,相连的键在自己手写下
能否有比较简单可靠的力场得到方法???
跪求高人指点 返回小木虫查看更多

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  • 精华评论
  • jiaoyixiong

    charmm 力场就有糖和肽的力场,你看看有没有你所需要的类型:
    http://mackerell.umaryland.edu/CHARMM_ff_params.html

    gromacs可以直接读取charmm力场的

  • yuyuping121

    引用回帖:
    3楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-07-10 14:04:08
    charmm 力场就有糖和肽的力场,你看看有没有你所需要的类型:
    http://mackerell.umaryland.edu/CHARMM_ff_params.html

    gromacs可以直接读取charmm力场的

    非常感谢

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