用gromacs时,糖与肽相连的力场怎么解决?
用gromacs,体系为配体与蛋白的相互作用,配体为糖与多肽的链接物,GROMACS没有直接的力场,用什么方法得到糖肽的力场比较可靠
本人先用的是用高斯-ambertools,最后转化成gromacs可用的力场,合理吗?
还是肽 糖力场分开,相连的键在自己手写下
能否有比较简单可靠的力场得到方法???
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用gromacs,体系为配体与蛋白的相互作用,配体为糖与多肽的链接物,GROMACS没有直接的力场,用什么方法得到糖肽的力场比较可靠
本人先用的是用高斯-ambertools,最后转化成gromacs可用的力场,合理吗?
还是肽 糖力场分开,相连的键在自己手写下
能否有比较简单可靠的力场得到方法???
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charmm 力场就有糖和肽的力场,你看看有没有你所需要的类型:
http://mackerell.umaryland.edu/CHARMM_ff_params.html
gromacs可以直接读取charmm力场的
非常感谢
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