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【请教】弱弱地问下关于氢键表?已经解决

作者 baiyuefei
来源: 小木虫 550 11 举报帖子
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我做了个有机单晶,PLATON计算出来的氢键表信息如下:
:: CPU-time:     0.6 (Total:     0.4)

Donor --- H....Acceptor [    ARU  ]      D - H      H...A      D...A  D - H...A


C(11) --H(11)  ..O(1)   [         ]       0.98       2.38   2.740(4)        101
C(11) --H(11)  ..N(3)   [         ]       0.98       2.38   2.968(4)        118
C(17) --H(17)  ..N(2)   [         ]       0.93       2.51   2.854(6)        102
C(18) --H(18B) ..O(2)   [         ]       0.97       2.35   2.707(6)        101
C(22) --H(22)  ..O(2)   [  3575.01]       0.93       2.52   3.429(9)        166

:: No Classic Hydrogen Bonds Found                                             


:: CPU-time:     0.2 (Total:     0.6)

有些疑问:
1.从氢键表中能看出具体那个是分子间氢键还是分子内氢键吗?(难道是结合晶体图中看出吗?还是光凭这个表就能看出那个是分子间还是分子内氢键?)
2.具体看那个值在多少范围呢才算作是氢键呢?
3.上述列的是否全是氢键呢?本人写SCI文章用,希望准确些,希望高手们解答,可再加金币

[ Last edited by baiyuefei on 2011-3-8 at 07:46 ] 返回小木虫查看更多

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  • 精华评论
  • 454106649

    C-H 的氢键用htab 2 计算,好像不能在lst中列出来!只能是一个一个找,比如C11,你用envi 找到合适的氢键受体原子(你这里PLATON已经计算出来了),然后在INS中加上htab C11 O1,然后精修!
        如果有对称操作,在INS中加上 :
           EQIV $1 ....
           HTAB A1 B1_$1
        然后精修!在lst中就会产生C-H氢键表!
    PS:氢键距离一般小于3.2,但是C-H距离有时候也会大些(比如,这里C22-O2距离为3.429,platon也认为有氢键存在)
          以上内容不全是权威论著,有些只是小弟个人的理解,欢迎指正!

  • 缥色玉柔情

    有些疑问:
    1.从氢键表中能看出,前4个为分子内氢键, 最后一个为分子间氢键
    2.如前位所说,氢键一般小于3.2,但是C-H距离有时候也会大些
    3.我认为都是,写文章可以用的

  • baiyuefei

    内容已删除

  • baiyuefei

    引用回帖:
    Originally posted by 缥色玉柔情 at 2011-03-06 20:28:17:
    有些疑问:
    1.从氢键表中能看出,前4个为分子内氢键, 最后一个为分子间氢键
    2.如前位所说,氢键一般小于3.2,但是C-H距离有时候也会大些
    3.我认为都是,写文章可以用的

    那您n能告诉我下,那个是比较强的氢键,那个是弱的氢键呢?具体的得看那些值呢?

  • 454106649

    引用回帖:
    Originally posted by baiyuefei at 2011-03-07 07:52:19:
    那您n能告诉我下,那个是比较强的氢键,那个是弱的氢键呢?具体的得看那些值呢?

    氢键强弱看距离,除了距离3.4那个,都算是强氢键!

  • baiyuefei

    内容已删除

  • 454106649

    引用回帖:
    Originally posted by baiyuefei at 2011-03-07 08:45:42:
    朋友我想问下你,我光用platon计算出来的这个表,发文章,可以吗?(想发JMS)
    还有就是我看文献上氢键表都是有坐标的,什么XYZ等,我是不是应该也写上啊,可我找不到对应的坐标啊,我该怎么找呢?

    下面这个 ...

    看了一下角度!好像就这两个还合适!
    C(22) --H(22)  ..O(2)   [  3575.01]       0.93       2.52   3.429(9)        166
    C(11) --H(11)  ..N(3)   [         ]       0.98       2.38   2.968(4)        118
    做法就是我第一次回帖那样

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