参考实例：
利用SPSS进行统计检验  
https://www.spss.net.cn/teach/200709/3.html

unpaired t-test
you can do it with excel

采用SPSS-Analyze-compare means - independent-samples T test

这要看你希望检验的内容是什么。
比如说吧，t检验的检验内容是均值。如果两组数据均值一样，那t检验不能说明任何差异性问题——当然，这两组数据也许是有差异的（比如1，2，3；0，2，4，t检验不能说明任何问题）
如果是比较残差，那自然就是用F检验了；如果是拟合曲线后对统计拟合曲线的截距、斜率之类的进行分析，那会更复杂，一般构造出来的统计量也是不规则的（不过通常而言，协方差分析是一定要用到的）

所以楼主必须明确，到底是检验哪些方面的差异显著性。

给你举个例子吧，比如你要分析你这两组数据的线性相关关系（进而明确相关度的差异性，或者说一组数据是否能用另一组的线性变换得到），先使用GLM回归（交换一二组，分别作为因变量和协变量），之后检验两条曲线的斜率（用斜方差分析）

处理这样的差异性问题会有一定难度