保存为xyz下坐标文件，
然后自己旋转坐标轴。

我比较笨，就是这么干的.

原理是数学中的坐标轴旋转于平移


如果谁有比较聪明的方法，交流一下....

如果分子有一定对称性, gv 选择分子主轴为z轴, 这个好像改不了.
做好后可以到其他程序中修改, 比如vmd 里面的move 命令.

首先，没有这个必要——详情请去看sobreva的专题。
其次，非要做的话，在gview里按笛卡尔坐标形式存成mol文件，去hyperchem里面打开，按你想要的方向去旋转，保存。然后手工修改文件，在计算命令那一行后面加上nosymm关键字，这样gaussian就不去自动旋转坐标轴了，

我尝试使用hyperchem旋转过， 但是那个不能精确控制，

可以使用旋转矩阵进行操作，这个可以精确控制

按住alt坐标轴就不会动了。然后拖动鼠标并结合ctrl/shift键来调整分子相对于坐标轴的朝向和位置即可。如果要精确控制，比如某个键必须平行于坐标轴之类，可以在适当位置做辅助原子，调整夹角、距离来实现。

学习了
--正想问这个问题的