【求助】为什么并行计算比单节点的要慢非常多呢？
菜鸟刚刚接触集群系统的计算。这两天在折腾MS的并行计算。现在可以实行并行计算，但是多节点并行计算的速度，远远低于单节点的计算速度，不知道是为什么？
集群是曙光系统，共六个节点，每个节点有8个核，内存node1最大，其他五个内存一样大。安装好后，并行可以进行，6个节点48个cpu运行是可以跑的，但是不如用单节点8个cpu跑的快。跑CASTEP程序，单节点8cpu只需要一两分钟就可以返回的结果，6个节点48个cpu却要至少20多分钟。
请问各位大虾，是什么原因导致这种情况？是并行文件配置的不好？还是因为节点间用的是千兆交换机，影响了数据的交换？还是其他原因？恳请达人给予指点。
刚刚接触，真的比较菜，让各位见笑了。
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京公网安备 11010802022153号
用top命令看了一下，发现单节点跑的时候，每个cpu都几乎是100%占用，而多节点跑的时候，每个cpu的占用率不一样，有的多有的少。我猜想，单节点内的各个cpu之间的数据交换速度，要大大快于跨节点之间的数据交换。不同节点间的数据交换速度，是并行计算的瓶颈，毕竟节点间是靠廉价的千兆交换机来交换数据的。不知道我这种想法是不是有一点点道理？
看来二楼的说法是正解。
[ Last edited by tubaxu on 2010-1-11 at 12:55 ]
我也刚刚用集群进行并行计算，六个节点，每节点8个核，
遇到了不少问题，向各位请教一下：
1、我装的是MS4.3版本，为什么在提交任务时最多只能选8个CPU呢?
2、用脚本提交CASTEP的几何优化计算，计算后返回的文件中怎么没有优化后的
结构文件呢？
1、好好看看集群安装吧。尤其etc/Gateway/root_default/dsd/conf/
gw-info.sbd和gwparams.cfg需要修改cpucorestotal=这项，这个也
可以从http://gateway==>gateway data==>edit==>账号gatekeeper,
密码缺省为空。
2、analysis==>structure==>create或update
，
核与核之间的通讯同样耗时！
运行同样的onetep任务，8核时跑完需要6154s,而4核跑时只需4783s。