完全可以，君不见有些文章致谢五六个基金项目吗

可以申请不同性质的基金，改改门面。我身边就有这样的例子。

个人认为应该允许的，很多人刚从事科研工作，不可能会有很多研究方向，要求申请书都不一样，明显不合理。