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【求助】Autodock4中进行Grid时的问题

作者 swordzj858
来源: 小木虫 150 3 举报帖子
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请教各位高手,我在用Autodock4.0进行对接时,前面进行比较顺利,当进行到准备marcomolecule时,进行如下操作:Grid——Macromolecule——choose——select molecule,但是当我选中蛋白质的编号时,出现了Warning: initializing 1Y6A.pdb的警告,然后是Warning:AutoGrid requires written pdbqt molecule!的警告。
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  • 精华评论
  • xingyun5182

    你的ADT里放的一直都是pdb文件吧,生成pdbqt文件后要删除原始的pdb文件,重新载入pdbqt文件。

  • swordzj858

    非常感谢您的帮助,但是我重新打开autodock4,然后用Grid——macromolecule——open命令重新载入pdbqt文件后,找不到Grid——macromolecule——Add Solvent Parameter的命令,然后我将分子存为Pdbqs格式时出现【write PDBQS】的警告,提示ERROR: cannot creat the PDBQS file, all atoms do not have a solvation fields,请问是怎么回事啊,非常感谢,

  • gwdavid

    在autodock4中受体与配体的文件格式都已变成了pdbqt的格式,不要再使用pdbqs的那种autodock3的格式了。
    另外,在autodock4中溶剂化参数已经集成于参数文件中,不需要再另外添加

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