应该可以选重复的原子的，可能你方法有点不对。
点二面角状的Measure plans etc图标，开始选原子，最后一个原子双击第一个平面选定，同样方法选定第二个，这是二面角数值及两平面涉及原子均在diamond界面最下方出现。

objects---planes---create plane through atoms 做出两个平面

tools---calculate---angle between planes 点击察看角度

1、安装diamond软件；
    2、用diamond打开你的晶体结构数据；
    3、按住ctrl键，用鼠标复选中构成第一个平面的原子，比如苯环就是6个原子；
    4、点面板上的"Objects"－－"Planes"－－"Creat Plane Through atoms"创建第一个平面；
    5、按照4的方法创建第二个平面；
    6、点面板上的"Tools"－－"Calculate"－－"Angle Between Planes"就可以得到你需要的二面角，

好像是3.0的不行，3.1d的可以，3.0的我点一下二面角图标他出来的是扭转角图标。3.1d的我试了可以。上面朋友有的说用建立两个平面求夹角的好像不大准确吧，毕竟有两个角，如果接近90度的就不懂得它的二面角到底是多少了