应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » BLAST 里关于 percent identity 的问题
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
51/1返回列表
查看: 10967  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

juansheng198

新虫 (初入文坛)

[求助] BLAST 里关于 percent identity 的问题 已有2人参与

小白刚接触BLAST。请问两个微生物的蛋白质序列比对的percent identity =93%，算是这两个物种关系close吗？
另外为何蛋白质序列比对的结果与BLASTn比对的结果percent identity不一样呢？
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

生物信息学

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2016-01-25 14:54:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
juansheng198: 金币+5, ★★★很有帮助 2016-01-27 09:34:04
引用回帖:
4楼: Originally posted by juansheng198 at 2016-01-26 09:27:55
谢谢。
1.一般来说多少算是近了呢？85%以上？
2.这个我后来也想到啦，不同密码子会编码不同氨基酸。此外，是不是还有一种可能性：不同的氨基酸可能得到的分数是一样的？比如T对应H是-2，T对应I也是-2分。...

1.这个因蛋白而已，不同基因、蛋白的进化速率是不同的。
2.有这种可能。序列比对时，蛋白得分矩阵比核酸得分矩阵要复杂。
赞一下 回复此楼
5楼2016-01-26 14:16:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答

zzq4993

铜虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
同问，本人对这个问题也不太了解，请大虾能够帮忙解答疑惑。

我在网上找到这么一段内容：
“ 一个普遍的规律是序列决定结构，结构决定功能。研究序列相似性的目的之一是，通过相似的序列得到相似的结构或相似的功能。这种方法在大多数情况下是成功的，当然，也存在着这样的情况，即两条序列几乎没有相似之处，但分子却折叠成相同的空间形状，并具有相同的功能（很好的生物信息学教程，第三章序列比较http://www.lmbe.seu.edu.cn/cheny ... arpterThree/3.1.htm）”

这不是不就意味着，通过蛋白序列比对，来寻找具有相同催化功能的酶，理论上是可行的。虽然具有相同催化功能的酶，其蛋白一级序列不一定相似，甚至迥异。但仍然很大概率上，两个酶的氨基酸序列高度相似，则它们
会具有相同的催化功能。因此，可以通过blast比对，在氨基酸序列高度相似的蛋白中，寻找新的具有相同催化功能的酶蛋白。如此理解上述这段话，对不对。在实际操作中，这样做，是否有可行性？
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2016-01-25 16:28:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
1.蛋白质序列相似性高的确可以说明两个物种近。
2.由于密码子的简并性，也就是不同密码子编码相同氨基酸。两条核酸序列不同，但编码的蛋白质序列有可能完全一致，这样你就应该能明白blastn结果为什么与blastp不同了吧。
赞一下 回复此楼
3楼2016-01-26 01:33:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

juansheng198

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by stone2239 at 2016-01-26 01:33:48
1.蛋白质序列相似性高的确可以说明两个物种近。
2.由于密码子的简并性，也就是不同密码子编码相同氨基酸。两条核酸序列不同，但编码的蛋白质序列有可能完全一致，这样你就应该能明白blastn结果为什么与blastp不同了 ...

谢谢。
1.一般来说多少算是近了呢？85%以上？
2.这个我后来也想到啦，不同密码子会编码不同氨基酸。此外，是不是还有一种可能性：不同的氨基酸可能得到的分数是一样的？比如T对应H是-2，T对应I也是-2分。
赞一下 回复此楼
4楼2016-01-26 09:27:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 081700学硕，323分，一志愿中国海洋大学求调剂学校 +14 披星河 2026-04-04 14/700 2026-04-05 10:18 by lqwchd
[考研] 286求调剂 +3 草木不言 2026-04-04 3/150 2026-04-04 22:40 by lbsjt
[考研] 调剂 +11 JLLLLLLLLLL 2026-04-03 11/550 2026-04-04 22:21 by hemengdong
[考研] 086000生物与医药298调剂求助 +6 元元青青 2026-03-31 8/400 2026-04-04 22:15 by lys0704
[考研] 0703总分331求调剂 +9 ZY-05 2026-04-04 12/600 2026-04-04 22:10 by ZY-05
[考研] 277工科求调剂 +7 1915668 2026-04-04 7/350 2026-04-04 17:21 by 啊俊！
[考研] 一志愿南农090401，268，求调剂 +5 一木鸟然 2026-04-04 5/250 2026-04-04 17:07 by babysonlkd
[考研] 材料专硕322分 +7 哈哈哈吼吼吼哈 2026-04-04 7/350 2026-04-04 12:09 by asdhh1991
[考研] 070300化学求调剂 +16 小黄鸭宝 2026-03-30 16/800 2026-04-04 11:49 by asdhh1991
[考研] 335求调剂 +7 沈清璃 2026-04-03 7/350 2026-04-03 18:55 by lijunpoly
[基金申请] esi高被引论文是不是能对中标有所加分和帮助呢 +5 redcom 2026-04-01 6/300 2026-04-03 15:15 by Howard28
[考研] 282求调剂 不挑专业 求收留 +7 Yam. 2026-03-30 8/400 2026-04-03 14:12 by zhangdingwa
[考研] 08工科，295，接受跨专业调剂 +8 lmnlzy 2026-03-30 8/400 2026-04-03 13:08 by nalakaiqi
[考研] 338求调剂，一志愿能源动力，外语是日语203 +5 zzz，，r 2026-04-02 5/250 2026-04-03 09:45 by 蓝云思雨
[考研] 346求调剂 +5 郑诚乐 2026-04-02 5/250 2026-04-02 16:38 by SZW_UJN
[考研] 311求调剂 +14 蓝月亮亮 2026-03-30 14/700 2026-04-02 12:18 by 1753564080
[考研] 085600 一志愿9 总分351 求调剂学校 +7 czhcz 2026-03-31 9/450 2026-04-01 19:24 by 无际的草原
[考研] 材料专业调剂 +5 啦啦啦哭 2026-03-31 6/300 2026-04-01 16:48 by JourneyLucky
[考研] 080500-315分复试调剂 +9 上岸3821 2026-03-31 9/450 2026-03-31 17:29 by 唐沐儿
[考研] 江苏苏北高校诚邀调剂同学 +3 zzll406 2026-03-31 3/150 2026-03-31 16:54 by 及时行乐fan
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭