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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » BLAST 里关于 percent identity 的问题
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juansheng198

新虫 (初入文坛)

[求助] BLAST 里关于 percent identity 的问题 已有2人参与

小白刚接触BLAST。请问两个微生物的蛋白质序列比对的percent identity =93%，算是这两个物种关系close吗？
另外为何蛋白质序列比对的结果与BLASTn比对的结果percent identity不一样呢？
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1楼 2016-01-25 14:54:34
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
1.蛋白质序列相似性高的确可以说明两个物种近。
2.由于密码子的简并性，也就是不同密码子编码相同氨基酸。两条核酸序列不同，但编码的蛋白质序列有可能完全一致，这样你就应该能明白blastn结果为什么与blastp不同了吧。
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3楼2016-01-26 01:33:48
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zzq4993

铜虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
同问，本人对这个问题也不太了解，请大虾能够帮忙解答疑惑。

我在网上找到这么一段内容：
“ 一个普遍的规律是序列决定结构，结构决定功能。研究序列相似性的目的之一是，通过相似的序列得到相似的结构或相似的功能。这种方法在大多数情况下是成功的，当然，也存在着这样的情况，即两条序列几乎没有相似之处，但分子却折叠成相同的空间形状，并具有相同的功能（很好的生物信息学教程，第三章序列比较http://www.lmbe.seu.edu.cn/cheny ... arpterThree/3.1.htm）”

这不是不就意味着，通过蛋白序列比对，来寻找具有相同催化功能的酶，理论上是可行的。虽然具有相同催化功能的酶，其蛋白一级序列不一定相似，甚至迥异。但仍然很大概率上，两个酶的氨基酸序列高度相似，则它们
会具有相同的催化功能。因此，可以通过blast比对，在氨基酸序列高度相似的蛋白中，寻找新的具有相同催化功能的酶蛋白。如此理解上述这段话，对不对。在实际操作中，这样做，是否有可行性？
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2楼2016-01-25 16:28:28
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juansheng198

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by stone2239 at 2016-01-26 01:33:48
1.蛋白质序列相似性高的确可以说明两个物种近。
2.由于密码子的简并性，也就是不同密码子编码相同氨基酸。两条核酸序列不同，但编码的蛋白质序列有可能完全一致，这样你就应该能明白blastn结果为什么与blastp不同了 ...

谢谢。
1.一般来说多少算是近了呢？85%以上？
2.这个我后来也想到啦，不同密码子会编码不同氨基酸。此外，是不是还有一种可能性：不同的氨基酸可能得到的分数是一样的？比如T对应H是-2，T对应I也是-2分。
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4楼2016-01-26 09:27:55
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
juansheng198: 金币+5, ★★★很有帮助 2016-01-27 09:34:04
引用回帖:
4楼: Originally posted by juansheng198 at 2016-01-26 09:27:55
谢谢。
1.一般来说多少算是近了呢？85%以上？
2.这个我后来也想到啦，不同密码子会编码不同氨基酸。此外，是不是还有一种可能性：不同的氨基酸可能得到的分数是一样的？比如T对应H是-2，T对应I也是-2分。...

1.这个因蛋白而已，不同基因、蛋白的进化速率是不同的。
2.有这种可能。序列比对时，蛋白得分矩阵比核酸得分矩阵要复杂。
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5楼2016-01-26 14:16:48
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