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BLAST 里关于 percent identity 的问题 已有2人参与
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小白刚接触BLAST。请问两个微生物的蛋白质序列比对的percent identity =93%，算是这两个物种关系close吗？ 另外为何蛋白质序列比对的结果与BLASTn比对的结果percent identity不一样呢？ |
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 生物信息学 |
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3楼2016-01-26 01:33:48
zzq4993
铜虫 (著名写手)
- 应助: 5 (幼儿园)
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- 专业: 微生物学
【答案】应助回帖
感谢参与，应助指数 +1
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同问，本人对这个问题也不太了解，请大虾能够帮忙解答疑惑。 我在网上找到这么一段内容： “ 一个普遍的规律是序列决定结构，结构决定功能。研究序列相似性的目的之一是，通过相似的序列得到相似的结构或相似的功能。这种方法在大多数情况下是成功的，当然，也存在着这样的情况，即两条序列几乎没有相似之处，但分子却折叠成相同的空间形状，并具有相同的功能（很好的生物信息学教程，第三章序列比较http://www.lmbe.seu.edu.cn/cheny ... arpterThree/3.1.htm）” 这不是不就意味着，通过蛋白序列比对，来寻找具有相同催化功能的酶，理论上是可行的。虽然具有相同催化功能的酶，其蛋白一级序列不一定相似，甚至迥异。但仍然很大概率上，两个酶的氨基酸序列高度相似，则它们 会具有相同的催化功能。因此，可以通过blast比对，在氨基酸序列高度相似的蛋白中，寻找新的具有相同催化功能的酶蛋白。如此理解上述这段话，对不对。在实际操作中，这样做，是否有可行性？ |
2楼2016-01-25 16:28:28
4楼2016-01-26 09:27:55
5楼2016-01-26 14:16:48
