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Ritaaaaaa

新虫 (初入文坛)

[求助] 用挂着酶切位点的引物跑PCR结果跑不出来啊!小白求救啊! 已有4人参与

要做HEK293表达一种GPCR,然后老板让我试试直接用挂着酶切微店的引物跑PCR,已经试了9次了,一直不成功。
引物: F: GCC 酶切位点 序列前端25bp
          R: 序列末端25bp 酶切位点 CCG

片段长是2078bp, ORF 1688bp
用的LA Taq.  PCR 程序试过很多种,推荐的2 step 和正常的3step, 还有各种退火温度都试过了。
也试过用PCR产物为模板再跑一次PCR了,就是看不到条带啊。
其中有一次看到条带了,结果小于1600bp.

已经耽误了好多天了,求救啊师兄师姐们,
研一的小白要疯掉了。
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leisure797

铁杆木虫 (职业作家)

百里登风

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
友情支持:高保真的酶,takara 的pyrobest,Thermo的Phusion,还有FastPfu
笑一个!
2楼2016-01-25 10:19:31
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王世玉

新虫 (初入文坛)

可以换一下酶试试
3楼2016-01-25 10:47:57
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Ritaaaaaa

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by leisure797 at 2016-01-25 10:19:31
友情支持:高保真的酶,takara 的pyrobest,Thermo的Phusion,还有FastPfu

实验室都不用这些欸。下午换了KOD-plus酶,还是没有条带。TnT
4楼2016-01-25 20:25:09
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noblefire

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
gpcr是真核的基因,你用的模板是cDNA么?可能是模板的问题,因为用cDNA一般很容易扩增。你用的酶几乎是最好的了,虽然大材小用了。
实在不行先设计一段500bp的片段(介于你的酶比引物贵多了),扩增一下看看模板有没有问题。

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5楼2016-01-25 21:08:20
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noblefire

铁虫 (小有名气)

补充:你的R引物反向互补了么?

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6楼2016-01-25 21:10:15
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mlbiosci

新虫 (正式写手)

个人认为上下游引物tm值要保持一样,这是最重要的

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7楼2016-01-25 23:46:57
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zhufadi

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你的r引物出问题了,把酶切位点挂r引物的5,端吧,拿着引物问问实验室的师兄师姐们去吧!

发自小木虫IOS客户端
世上无难事,只怕有心人!
8楼2016-01-25 23:51:44
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buthey

金虫 (正式写手)

你上下游引物直接用的这段序列的前端和末端,然后加上了酶切位点么?   你的引物符合引物设计的规则不

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9楼2016-01-26 00:21:25
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jiangzz555

新虫 (小有名气)

10楼2016-01-26 01:21:14
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