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hufan2441

铁虫 (小有名气)

[求助] 做的质粒应该是6000bp。结果提质粒后跑胶只有3000bp左右 已有3人参与

酶切后5500bp的载体和600bp的目的片段连接、转化、培养、提质粒后跑胶只有3000bp左右了,这应该是哪个方面出了问题呢?
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xufengnbu

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
确定没用错marker? 电泳图看看

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why is the way to success
2楼2015-11-26 21:52:57
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hufan2441

铁虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by xufengnbu at 2015-11-26 21:52:57
确定没用错marker? 电泳图看看

左边是5000Marker,右边是10000的
做的质粒应该是6000bp。结果提质粒后跑胶只有3000bp左右



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3楼2015-11-26 22:12:44
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misang

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
是酶切了电泳还是没有切?是用双酶切的吗?

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4楼2015-11-26 22:22:46
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匿名

用户注销 (著名写手)

本帖仅楼主可见
5楼2015-11-26 22:35:19
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xufengnbu

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by hufan2441 at 2015-11-26 22:12:44
左边是5000Marker,右边是10000的

...

质粒电泳图吧,你可以用抽提的质粒再酶切验证一下。如果之前的菌液pcr也能扩出目的条带,酶切质粒也能切开,就没问题了。

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why is the way to success
6楼2015-11-27 07:02:09
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hufan2441

铁虫 (小有名气)

上面那个很淡的条带和我要的挺吻合的

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7楼2015-11-27 09:04:48
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q120465872

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

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hufan2441: 金币+40, ★★★★★最佳答案 2015-11-30 10:24:44
质粒有三种形态的,我前面给人回帖讲过这个,不过手机不太好找出来给你看。简单点说就是,质粒大部分是超螺旋态,跑的比线性DNA快,所以跟marker比显得比较小。另外开环形态的比例较低,大小跟marker一致,这就是你看到的浅带为什么正确。所以你的质粒应该没问题。


睡懒觉迷糊中,质粒三个形态的概念记不清了,我说的可能有疏漏,但大概是那么个意思,你自己再查查吧,百度都可以查到。

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» 本帖已获得的红花(最新10朵)

赐予我力量,去改变我所能改变的;赐予我勇气,去接受我所不能改变的;并赐予我智慧,去分辨这两者。
8楼2015-11-27 09:12:00
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hufan2441

铁虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
8楼: Originally posted by q120465872 at 2015-11-27 09:12:00
质粒有三种形态的,我前面给人回帖讲过这个,不过手机不太好找出来给你看。简单点说就是,质粒大部分是超螺旋态,跑的比线性DNA快,所以跟marker比显得比较小。另外开环形态的比例较低,大小跟marker一致,这就是你 ...

我们实验室其他人好像没这种情况,我最近的几次都出现了这种情况,是我提质粒的操作有什么问题吗?

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9楼2015-11-30 10:36:24
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q120465872

金虫 (小有名气)

引用回帖:
9楼: Originally posted by hufan2441 at 2015-11-30 10:36:24
我们实验室其他人好像没这种情况,我最近的几次都出现了这种情况,是我提质粒的操作有什么问题吗?
...

这个状况其实并不影响你后续的实验,如果你能确定你实验过程没有问题。不放心可以酶切或者测序确定。
正常的质粒,浓度较高的情况下很容易看到三条带的,不需要过分纠结这个问题。
不过需要注意一点,提质粒过程中试剂盒说明书上有提醒的,裂解时间、不能剧烈摇晃。这些步骤有可能导致基因组污染

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赐予我力量,去改变我所能改变的;赐予我勇气,去接受我所不能改变的;并赐予我智慧,去分辨这两者。
10楼2015-11-30 12:57:28
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