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z631535213

木虫 (正式写手)

[求助] PCR后i电泳没目的条带, 求助啊 已有5人参与

买的市面上某根的KIT,取的体系是25ul:12.5ul PCR MIX ,5ul 模版,1ul 前引 (10uM) ,1ul后引(10uM),加dd水至25ul
设置的是 94° 3min,  (94° 30s,55° 30s,72° 30s)20cycles ,72° 5min。
跑胶是3%的琼脂糖 60ml,5ul Mark。先是80V 20min,然后120V至结束

想请问下:
1.上面的设置有没有哪些不合理的啊?
2.跑到Mark之前的是不是引物啊?Mark最下面那个是50bp的,Mark加了5ul/琼脂糖60ml,是不是少加点好?
3.是不是进行一下梯度PCR来确定下退火温度啊?

PCR后i电泳没目的条带,  求助啊
2.jpg


PCR后i电泳没目的条带,  求助啊-1
IMG_0604.JPG
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liping121200

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
z631535213: 金币+8, ★★★很有帮助, 谢谢! 2015-11-19 16:08:15
1、引物加1uL可以的,你的模板加的有点多,一般也是加1uL就够了,但要根据你的浓度
2、你的循环数少了点,一般30-35个循环,你才20个
3、你的胶浓度过高,一般0.5%-1%就可以了
4、你的marker 点的太多,一般点2-3uL就可以
5、你跑DNA产物,不用弄得这么麻烦,80v的电压跑的太慢了,你可以直接调到110-120v的电压,跑30分钟左右就很好了
6、你跑出来的东西基本上就不是你的目的条带,可以设置个温度梯度跑跑看
好好学习,天天向上
9楼2015-11-19 14:10:35
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liping121200

铜虫 (小有名气)

我们以前跑引物加0.5uL
好好学习,天天向上
10楼2015-11-19 14:12:26
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普通回帖

a86052

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
z631535213: 金币+3, ★有帮助 2015-11-19 10:08:04
引物可以再少加点。模板不知道你用的什么,浓度多少?marker上的有点多了
2楼2015-11-19 08:50:25
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z631535213

木虫 (正式写手)

内容已删除
3楼2015-11-19 10:11:46
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a86052

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

内容已删除
4楼2015-11-19 10:18:54
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z631535213

木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by a86052 at 2015-11-19 10:18:54
可以,我们之前一直用0.25uM,足够了。根据你的引物退火温度,可以拉个温度梯度试下,循环数也可以多些,例如30。还有,你的片段很小吗,用3%的胶...

设计的时候理论产物是100+bp,200+bp和300+bp。设计的多重引物,所以设计过程中有些引物原则不是执行的十分严谨,因而不大确定引物行不行,就针对每队引物单独跑了20cyc看有没有产物
5楼2015-11-19 10:45:33
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瑷洱yd

金虫 (小有名气)

感觉没有特异条带,可以试试降低退货火温度,或者提高一下循环次数(我一般都是30循环)。感觉楼主的Mark好了亮哦,可少点一些不吧。
想问楼主为啥跑电源的时候还要改变电压啊?(我也刚开始做实验,我都说一个电压跑结束的)

发自小木虫Android客户端
6楼2015-11-19 11:19:37
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z631535213

木虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 瑷洱yd at 2015-11-19 11:19:37
感觉没有特异条带,可以试试降低退货火温度,或者提高一下循环次数(我一般都是30循环)。感觉楼主的Mark好了亮哦,可少点一些不吧。
想问楼主为啥跑电源的时候还要改变电压啊?(我也刚开始做实验,我都说一个电压 ...

问的六一的,那边人员是这么建议的。我考虑是不是先用电压的1/2或2/3跑20min是为了在较低电压下有一个好的起始区分(针对Mark),然后调至正常电压快速跑胶。
7楼2015-11-19 11:30:04
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瑷洱yd

金虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by z631535213 at 2015-11-19 11:30:04
问的六一的,那边人员是这么建议的。我考虑是不是先用电压的1/2或2/3跑20min是为了在较低电压下有一个好的起始区分(针对Mark),然后调至正常电压快速跑胶。...

哦哦,这样啊。我下次试试
8楼2015-11-19 13:30:42
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