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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 如何知道配体小分子的结构序列
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sun183635

新虫 (初入文坛)

[求助] 如何知道配体小分子的结构序列 已有1人参与

SA-华法令复合物晶体结构来自Brookhaven蛋白质数据库(蛋白质编码: 1h9z),除去配体华法令、脂肪酸和水分子。
怎么除去这些配体小分子啊，根本不知道他们的PDB序列啊，也不知道他们的结构。新手求教
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1楼 2015-10-23 13:22:56
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sun183635

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by a86052 at 2015-10-23 16:06:26
用文本编辑器-写字板打开PDB文件，配体和水分子中原子一般都是HETATM，蛋白原子是ATOM，把HETATM那些行都删掉，就可以了

那那个脂肪酸应该怎么处理呢，刚接触啥都不懂
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4楼2015-10-23 19:33:25
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a86052

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
sun183635: 金币+5, ★★★很有帮助 2015-10-23 19:34:22
用文本编辑器-写字板打开PDB文件，配体和水分子中原子一般都是HETATM，蛋白原子是ATOM，把HETATM那些行都删掉，就可以了
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2015-10-23 16:06:26
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屁桃粉

新虫 (小有名气)
下一个DS软件，可手动删除配体

发自小木虫Android客户端
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2015-10-23 16:48:09
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