24小时热门版块排行榜    

查看: 5014  |  回复: 2

echo4121

新虫 (初入文坛)

[求助] 分子对接 如何用Chemdraw绘制mol格式的小分子配体 已有2人参与

求助各方高手:
我刚开始学做分子对接,蛋白的pdb文件已经获得,但对于三肽配体Met-Leu-Phe,我是自己用Chemdraw画的,是不是可以直接用模板里的单个氨基酸生成?我不知道该怎样完成两个氨基酸之间的脱水过程,所以就重新挨个键画的,最后存成mol格式。
但我在用iGEMDOCK完成对接时,系统提示:
fMLF.mol is not a correct list file
An accetpable list file MUST contain drug location in each line in it

应该是配体数据不对。我是少了什么步骤吗?是不是还需要什么二维到三维的转化过程?

恳请大家指点!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

钢索上的独舞者
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

beaubear

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
月只蓝: 金币+2, 感谢指导! 2014-02-20 21:55:06
这是很早的问题了,不过最近我自己画的时候也遇到这种情况,摸索着好像需要注意两点:一是画的时候官能团或者连接处必须是在键一端出现绿点的地方添加,第二是做完图还要对结构进行“check strucrure”(我的软件是英文版)操作,保存的时候默认格式再在chembio3D自己修改成mol2.
不知道这样做有用没,加油了!
2楼2014-02-19 11:15:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pymol

捐助贵宾 (正式写手)


【答案】应助回帖

★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-02-20 21:55:12
可以用pymol直接绘制出pdb文件,然后对接
3楼2014-02-20 19:40:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 echo4121 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-10 6/300 2026-11-12 02:25 by 9fOTqj074tIg
[教师之家] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-10 4/200 2026-11-12 02:23 by 9fOTqj074tIg
[基金申请] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 czAiolzR0IJC 2026-11-10 7/350 2026-11-12 02:14 by 9fOTqj074tIg
[教师之家] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 czAiolzR0IJC 2026-11-10 5/250 2026-11-12 02:09 by 9fOTqj074tIg
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 G2rhSvqvhNzl 2026-11-10 5/250 2026-11-12 02:01 by 9fOTqj074tIg
[硕博家园] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 G2rhSvqvhNzl 2026-11-10 4/200 2026-11-12 02:01 by 9fOTqj074tIg
[公派出国] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 G2rhSvqvhNzl 2026-11-10 3/150 2026-11-12 01:50 by 9fOTqj074tIg
[考研] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 C6CRn66RYYXS 2026-11-10 3/150 2026-11-12 01:28 by 9fOTqj074tIg
[教师之家] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 C6CRn66RYYXS 2026-11-10 4/200 2026-11-12 01:28 by 9fOTqj074tIg
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 C6CRn66RYYXS 2026-11-10 5/250 2026-11-12 01:25 by 9fOTqj074tIg
[硕博家园] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +4 YHiw1gou1Eda 2026-11-10 6/300 2026-11-12 01:08 by 9fOTqj074tIg
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 FChKX8meu1ds 2026-11-09 7/350 2026-11-12 01:06 by 9fOTqj074tIg
[考研] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +6 0TEMgxdT1eIw 2026-11-09 8/400 2026-11-12 00:33 by 9fOTqj074tIg
[硕博家园] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 G2rhSvqvhNzl 2026-11-10 5/250 2026-11-11 17:58 by TgvkbZZl9tqB
[考研] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +5 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 6/300 2026-11-11 16:47 by TgvkbZZl9tqB
[考博] 申请环境,微生物方向博士 +3 浅笑09 2026-11-08 3/150 2026-11-10 12:44 by 可淡不可忘
[考博] 27博士申请 +3 白白白ly 2026-11-09 3/150 2026-11-09 21:39 by szq0819
[考博] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +5 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 15/750 2026-11-09 11:41 by GwrQVVR6Oenx
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 12/600 2026-11-09 06:32 by l48hFd8Nwae2
[公派出国] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 8/400 2026-11-09 00:14 by l48hFd8Nwae2
信息提示
请填处理意见