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echo4121

新虫 (初入文坛)

[求助] 分子对接 如何用Chemdraw绘制mol格式的小分子配体 已有2人参与

求助各方高手:
我刚开始学做分子对接,蛋白的pdb文件已经获得,但对于三肽配体Met-Leu-Phe,我是自己用Chemdraw画的,是不是可以直接用模板里的单个氨基酸生成?我不知道该怎样完成两个氨基酸之间的脱水过程,所以就重新挨个键画的,最后存成mol格式。
但我在用iGEMDOCK完成对接时,系统提示:
fMLF.mol is not a correct list file
An accetpable list file MUST contain drug location in each line in it

应该是配体数据不对。我是少了什么步骤吗?是不是还需要什么二维到三维的转化过程?

恳请大家指点!
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钢索上的独舞者
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)


【答案】应助回帖


月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-02-20 21:55:12
可以用pymol直接绘制出pdb文件,然后对接
3楼2014-02-20 19:40:45
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beaubear

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
月只蓝: 金币+2, 感谢指导! 2014-02-20 21:55:06
这是很早的问题了,不过最近我自己画的时候也遇到这种情况,摸索着好像需要注意两点:一是画的时候官能团或者连接处必须是在键一端出现绿点的地方添加,第二是做完图还要对结构进行“check strucrure”(我的软件是英文版)操作,保存的时候默认格式再在chembio3D自己修改成mol2.
不知道这样做有用没,加油了!
2楼2014-02-19 11:15:59
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