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libingjia

新虫 (初入文坛)

[求助] igemdock的使用 受体和配体的处理 结果的表述

论文各种难产 有哪位大侠帮帮忙 小弟初学igemdock实在不知道怎么处理
1、蛋白质从PDB下载 比如我下载了6cox 需要去除其中的抑制剂sc-558吗 还是可以直接用
2、小分子的处理,使用OpenBabel转换成mol2格式的时候 需要加氢加电荷吗 加氢用add hydrogens(make explicit)对吗 加电荷用哪个?
3对接的结果表述,看到论文都是表述小分子如何与氨基酸残基结合 从图里密密麻麻怎么能看出来啊

求助各位大侠
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