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ly476779208

银虫 (初入文坛)

[求助] PCR后电泳的结果好奇怪,求帮忙分析。 已有2人参与

PCR做了两个片段,A:1245bp;B1:2982bp;B2:2982bp
PCR体系如下:
试剂        体积( 20ul)
ddH2O                9.6ul
10 x buffer          4ul
10×dNTP(2 .5mM)2ul
上游Primer(10 μM) 1ul
下游Primer(10 μM) 1ul
模板(123 ng/mL ) 2ul
酶   0.4ul
PCR条件:
98℃   30s
98℃   10s
55℃   30s
72℃/68℃   Xmin
goto   5×
98℃   30s
98℃   10s
57℃   30s
72℃/68℃   Xmin
goto   28×
72℃/68℃   10min
4℃  保存

三个样,每个做了四管,先mix后分装,同一个体系配置的。1kb marker
A用GXL酶P的,所以延伸温度是68℃,电泳后结果不错,条带明亮,至今做过的最好的……(新手QAQ)
B1,B2用的phusion酶,延伸温度72℃,电泳后条带如图。
不知道为什么会出现这种条带有的没有,有的明亮有的暗淡的现象,因为是一个体系配的呀,确定各组分都加了。那么出现这种结果的原因是什么呢,明亮的条带是正确的吗?

PCR后电泳的结果好奇怪,求帮忙分析。
A电泳结果 条带明亮.png


PCR后电泳的结果好奇怪,求帮忙分析。-1
B1.png


PCR后电泳的结果好奇怪,求帮忙分析。-2
B2.png
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做实验哦QAQ
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BBMC-2012

木虫 (知名作家)


引用回帖:
9楼: Originally posted by ly476779208 at 2015-08-26 10:18:55
恩恩,图二图三的回收到的才1.4-2.4ng/ul左右。上次也出现这种情况,浓度特别低,所以就用回收到的目的片段当模板来二扩,结果电泳没条带,说明回收到的不是目的片段。所以我感觉这次也是一样……条带暗淡的话很难 ...

这倒是真的啊!要不直接pcr产物二次pcr

[ 发自小木虫客户端 ]
11楼2015-08-26 10:25:26
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普通回帖

BBMC-2012

木虫 (知名作家)


很正常,有时候!可以用

发自小木虫Android客户端
2楼2015-08-26 09:42:06
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ly476779208

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by BBMC-2012 at 2015-08-26 09:42:06
很正常,有时候!可以用

好的,谢谢
我还想问问,图一那个胶,我进行后续切胶回收,四管合一终浓度才28.1ng/ul,这个回收效率是不是低了?图二图三基本上没回收到……
做实验哦QAQ
3楼2015-08-26 09:49:14
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BBMC-2012

木虫 (知名作家)


引用回帖:
3楼: Originally posted by ly476779208 at 2015-08-26 09:49:14
好的,谢谢
我还想问问,图一那个胶,我进行后续切胶回收,四管合一终浓度才28.1ng/ul,这个回收效率是不是低了?图二图三基本上没回收到……...

还好吧,可以啦!平时我只是10几

[ 发自小木虫客户端 ]
4楼2015-08-26 09:59:06
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BBMC-2012

木虫 (知名作家)


引用回帖:
3楼: Originally posted by ly476779208 at 2015-08-26 09:49:14
好的,谢谢
我还想问问,图一那个胶,我进行后续切胶回收,四管合一终浓度才28.1ng/ul,这个回收效率是不是低了?图二图三基本上没回收到……...

这还好吧,应该有产物连接试试

[ 发自小木虫客户端 ]
5楼2015-08-26 10:00:19
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929519755

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
为什么退火温度先用55℃p5个cycle,在用57℃呢?
想你没话说
6楼2015-08-26 10:02:36
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929519755

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
ly476779208: 金币+2, 有帮助, 还是谢谢哦 2015-08-27 10:55:09
如果你想增强特异性,又要获得较高产率,不是先用较高的退火温度,再用较低的退火温度好点吗?
感觉你这个用反了…………………………
想你没话说
7楼2015-08-26 10:05:02
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ly476779208

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 929519755 at 2015-08-26 10:05:02
如果你想增强特异性,又要获得较高产率,不是先用较高的退火温度,再用较低的退火温度好点吗?
感觉你这个用反了…………………………

师姐的解释是,先用低的退火温度降低特异性,多扩增一下,然后再提高退火温度增强特异性,从而扩增目的片段。类似于增加了一些模板吧。
做实验哦QAQ
8楼2015-08-26 10:15:37
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ly476779208

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by BBMC-2012 at 2015-08-26 09:59:06
还好吧,可以啦!平时我只是10几
...

恩恩,图二图三的回收到的才1.4-2.4ng/ul左右。上次也出现这种情况,浓度特别低,所以就用回收到的目的片段当模板来二扩,结果电泳没条带,说明回收到的不是目的片段。所以我感觉这次也是一样……条带暗淡的话很难回收到吗…QAQ
做实验哦QAQ
9楼2015-08-26 10:18:55
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929519755

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

……
没有见过这样的
如果你感觉产物太少,可以多扩增几个cycle啊
想你没话说
10楼2015-08-26 10:19:49
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