应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 求引物设计大神
101/1返回列表
查看: 916  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

shadowing520

新虫 (初入文坛)

[求助] 求引物设计大神 已有1人参与

实验菜鸟，下面这段CDS序列需要扩全序列，但是引物总设计不好，用primer5设计分数不高，求各位大神帮忙设计下，万分感谢~~~~~~~~~~~~~
ATGCCTGTCACTTTTGATCAAGAACGCTATAATGTGTCTGTACCGTTTTCGACAGGTATTCACGGATTATCTGATGGCCATGGGATTCGAATTGTGGCAGTGCCAAAACATGGCGGGACGCTATTTACAGTGAATCTACGACGTGGTGACGATATTTATTTCCACTTCAATCCGCGCTTTAATCAAGGAGTAGTGGTGATGAACTGCGAAATTGGCGGCGCATGGCAACATGAAGAGTACATCGATCCCATTCCATTCACCGACTGCAAGCTGTTCACACTTGATCTCGTCTCCATTAATGGATCAGTCGAGATTGTCATTGATGGTGAACAACGAGGACGTTTCAGAATCCGTGAAGATCTGCGTCATGTGGATCGTTTTGAAGTGGACGGCGATGTAGAAGTTCATTCAGTTCATTATGGTGTTTGA
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2015-08-06 09:49:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
shadowing520: 金币+5, ★有帮助 2015-08-06 16:08:25
你这个因为要扩全长，位置其实没什么余地，只能通过调整上下游引物的长度尽量使Tm值接近就好，如果要构建相应表达载体，自己根据该基因酶切位点信息、载体酶切位点信息选择在引物前加酶切位点。F:ATGCCTGTCACTTTTGATCAAGAAC
R:TCAAACACCATAATGAACTGAATGAAC
赞一下 回复此楼
2楼2015-08-06 11:54:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zjqfjj

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by stone2239 at 2015-08-06 11:54:39
你这个因为要扩全长，位置其实没什么余地，只能通过调整上下游引物的长度尽量使Tm值接近就好，如果要构建相应表达载体，自己根据该基因酶切位点信息、载体酶切位点信息选择在引物前加酶切位点。F:ATGCCTGTCACTTTTGA ...

F和R有什么区别
回复此楼
3楼2015-08-06 12:14:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zjqfjj

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by stone2239 at 2015-08-06 11:54:39
你这个因为要扩全长，位置其实没什么余地，只能通过调整上下游引物的长度尽量使Tm值接近就好，如果要构建相应表达载体，自己根据该基因酶切位点信息、载体酶切位点信息选择在引物前加酶切位点。F:ATGCCTGTCACTTTTGA ...

能帮我设计一下这个引物吗，序列长度需要选择在100——300，万分感谢
ATGGCTGACAACAGAGATAAAACCACGGACCAGATGAAGATGTGGAAGGAGGGCCGTGGAGCTCAGAGGGCTGACAAGCTGACCACAGGGGCTGGCCATCCCATTGGAGACAAGCTGAACCTGCAGACTGCAGGTCCCAGGGGTCCTCTGCTGGTCCAAGATGTGGTCTTCACAGATGAGATGGCCCACTTCGACAGGGAACGAATTCCAGAGAGAGTGGTGCACGCCAAAGGGGCAGGGGCATTTGGCTACTTTGAGGTGACTCACGACATCAGTCGTTACTGCAAGGCCAAGGTGTTTGAGCACATCGGCAAGACTACGCCCATTGCTGTTCGCTTCTCCACTGTGGCCGGTGAATCGGGATCAGCTGACACTGTGCGAGACCCCCGAGGCTTTGCAGTCAAGTTTTACACTGAGGGTGGCAACTGGGACCTGACGGGCAACAACACCCCCATTTTCTTCATCAGGGACGCTCTACTGTTCCCGTCCTTCATCCACTCCCAGAAGCGTAATCCTCAAACCCACATGAAAGACCCTGACATGGTGTGGGACTTCTGGAGCCTGAGGCCAGAGAGTCTGCATCAGGTGTCCTTCTTGTTCAGCGATCGAGGTTTGCCCGACGGCTACCGTCACATGAACGGCTACGGCTCTCATACCTTCAAACTGGTCAACAGCAACGGCGAGCGCTTCTACTGCAAGTTCCACTACAAAACTGATCAAGGAATAAAGAATCTGCCGGTTGAGGAGGCAGACCGCCTGGCTTCCACCAACCCAGATTATGCCATCGGAGACTTGTTTAACGCCATTGCCAATGGGAACTTCCCGTCCTGGACTTTCTACATCCAGGTTATGACCTTTGAGCAGGCTGAGAAGTTCCAGTTCAACCCATTCGATCTTACCAAGGTTTGGTCACACAAAGAATACCCTTTGATCCCTGTGGGCAAAATGGTGCTGAACAGGAACCCAGTCAACTACTTTGCAGAGGTGGAGCAGCTGGCCTTTGACCCCAGCAACATGCCACCAGGCATCGAGCCAAGCCCTGACAAGATGCTGCAGGGTCGCCTCTTCTCCTACCCAGACACGCATCGACACCGTCTGGGAGCCAACTACCTGCAGCTCCCTGTCAACTGCCCCTTCAGGGCCCGCGTGGCCAACTACCAGCGCGATGGTCCTATGTGCATGTTTGACAACCAAGGTGGAGCTCCAAACTACTATCCAAACAGCTTCAGTGCCCCGGAGACCCAGCCTCAGTTTATGGAGTCCAAGTTCAGCGTGTCTCCAGATGTGGGACGTTACAACAGTGGAGATGAAGATAATGTCACGCAGGTTCGTACCTTCTACACTCAGGTGCTGAACAAAGAAGAACGCCAGAGACTTTGCCAGAACATGGCGGGAGCCCTGAAGGGAGCCCAGCTCTTCATCCAGAAACGCATGGTGGAGAACTTGAAGGCAGTCCATCCAGACTATGGAAACAGTGTTCAGACCCTTCTCGACAAGTACAATGCAGACGCCCAGAAGAACACAAACGTTCATGTTTACAGCCGTCCAGGAGCCTCAGCTGTTGCTGCGTCCTCAAAGATGTGA
赞一下 回复此楼
4楼2015-08-06 12:36:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by zjqfjj at 2015-08-06 12:14:17
F和R有什么区别...

F（forward）：上游引物，R（reverse）：下游引物
赞一下 回复此楼
5楼2015-08-06 12:50:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shadowing520

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by stone2239 at 2015-08-06 11:54:39
你这个因为要扩全长，位置其实没什么余地，只能通过调整上下游引物的长度尽量使Tm值接近就好，如果要构建相应表达载体，自己根据该基因酶切位点信息、载体酶切位点信息选择在引物前加酶切位点。F:ATGCCTGTCACTTTTGA ...

还有个问题呢，我要做一个基因的耐药性检测，只有该基因的CDS序列，可是我是提取的DNA来做实验，请问可以用这个CDS全长序列设计引物来PCR吗？或者不用全长可以吗？扩增出来的效果应该是怎样的呢？？？求好心人解答
赞一下 回复此楼
6楼2015-08-06 16:14:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

stone2239

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by shadowing520 at 2015-08-06 16:14:45
还有个问题呢，我要做一个基因的耐药性检测，只有该基因的CDS序列，可是我是提取的DNA来做实验，请问可以用这个CDS全长序列设计引物来PCR吗？或者不用全长可以吗？扩增出来的效果应该是怎样的呢？？？求好心人解答 ...

耐药性不了解，如果确定你的基因没有内含子，可以以DNA做模板扩增该段CDS全长。是否需要全长看你实验目的，一般做功能验证分析都需要用全长。
赞一下 回复此楼
7楼2015-08-06 17:28:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

我欲乘风归去

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by zjqfjj at 2015-08-06 12:36:44
能帮我设计一下这个引物吗，序列长度需要选择在100——300，万分感谢
ATGGCTGACAACAGAGATAAAACCACGGACCAGATGAAGATGTGGAAGGAGGGCCGTGGAGCTCAGAGGGCTGACAAGCTGACCACAGGGGCTGGCCATCCCATTGGAGACAAGCTGAACCTGCAGACTGCA ...

Forward primer        GACTTTGCCAGAACATGGCG        Plus        20        1373        1392        60.11        55.00        4.00        2.00
Reverse primer        ACATCTTTGAGGACGCAGCA        Minus        20        1582        1563        59.96        50.00        3.00        1.00
Product length        210
赞一下 回复此楼
。
8楼2015-08-06 18:09:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shadowing520

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by stone2239 at 2015-08-06 17:28:31
耐药性不了解，如果确定你的基因没有内含子，可以以DNA做模板扩增该段CDS全长。是否需要全长看你实验目的，一般做功能验证分析都需要用全长。...

不太明白什么叫基因没有内含子，难道不是所有基因都有内含子的么？
赞一下 回复此楼
9楼2015-08-06 20:34:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

stone2239

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by shadowing520 at 2015-08-06 20:34:29
不太明白什么叫基因没有内含子，难道不是所有基因都有内含子的么？...

真核生物中有的基因有内含子，有的没有；原核生物基因没有内含子。
赞一下 回复此楼
10楼2015-08-06 22:36:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 shadowing520 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭