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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 对于环境样本高通量测序的时候的一些问题
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fengliwt

新虫 (初入文坛)

[交流] 对于环境样本高通量测序的时候的一些问题

新手，对于提出的环境样本，总DNA进行多样性鉴定，要做高通量测序，想知道：引物是怎么选定的，目的片段的长度有没有限定，引物接头是什么意思，还有下面这句话怎么翻译
preserve the quantitative composition of the template
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1楼 2015-07-07 18:19:33
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我是鱼豆腐

金虫 (小有名气)
★
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额，是自己先pcr一下，然后送去公司，公司还会再进行pcr纯化的，所以你初步（做细菌的话）就用16Sr RNA做吧(*^__^*)
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2楼2015-07-07 20:20:50
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fengliwt

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 我是鱼豆腐 at 2015-07-07 20:20:50
额，是自己先pcr一下，然后送去公司，公司还会再进行pcr纯化的，所以你初步（做细菌的话）就用16Sr RNA做吧(*^__^*)

是pcr原液吗，还有，目的片段大小有没有要求？多长合适？

[ 发自小木虫客户端 ]
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3楼2015-07-07 20:54:14
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he龙行天下

木虫 (小有名气)
★
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公司的话，一般你只要提供样品或者DNA就行了，引物公司都有的

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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4楼2015-07-07 23:37:50
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我是鱼豆腐

金虫 (小有名气)
★ ★
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fengliwt: 金币+1 2015-07-10 11:02:04
引用回帖:
3楼: Originally posted by fengliwt at 2015-07-07 20:54:14
是pcr原液吗，还有，目的片段大小有没有要求？多长合适？
...

有的公司是只需要提供dna样品，有的是得体教初步pcr后的反应液；
目的片段不是跟你用的引物有关系么，公司最终肯定会pcr一次，他们自己会知道目的片段大小的，你记得问公司要barcode就行，最后给你的数据应该是reads1、reads2和map.txt，这三个文件；
你要是不让公司分析，我可以免费帮你分析哦~(*^__^*)
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5楼2015-07-08 09:07:54
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Breeze_liang

新虫 (正式写手)
★
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内容已删除
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6楼2015-07-08 09:18:59
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biolinker

金虫 (小有名气)
★
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引物选择的区域主要是根据你的样本类型和测序平台去考虑的。扩增长度要测序平台能合适才行。
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7楼2015-07-08 09:40:48
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happy6

木虫 (著名写手)
★
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引物的选定，一般的公司很多是参考文献的，有些进行了一些优化，对测序公司而言，常规的测序项目，引物都是已经确定好的，而且引物都是加上了接头的。接头序列包含了测序引物序列。目的片段的长度是要根据选择的测序平台定的。如果目的片段过长，两端测序读长较短的话，测不通PCR片段。供参考。好运！
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8楼2015-07-08 15:16:48
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崔士元

金虫 (正式写手)
★
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引物选定是根据文献来的

发自小木虫IOS客户端
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男人，就要对自己狠一点！
9楼2016-01-13 11:40:24
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