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bitezhu

新虫 (初入文坛)

[交流] 高通量测序，问一个一直以来比较困惑的问题

所谓双端测序，是测合成的双链cDNA的哪一条链呢？还是说同时从双链的两端开始测，得到ＰＥ测序数据？
问题有点弱智，还请各位不吝赐教
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1楼 2014-08-26 22:18:24
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catinshen

新虫 (初入文坛)
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是从双链中每条链的5’端各测一条read。
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12楼2014-08-27 11:11:56
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bitezhu

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
12楼: Originally posted by catinshen at 2014-08-27 11:11:56
是从双链中每条链的5’端各测一条read。

可是如果这样的话，比如说我的cDNA片段是300bp的，如果是从单链的5‘端分别测，采取PE100的策略的话，两个reads中间就没有重叠部分，拼接的时候又是怎么根据reads的overlap进行组装的呢？
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13楼2014-08-29 09:22:23
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派派_Ida

新虫 (初入文坛)
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14楼2014-08-29 13:48:10
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Alienlqf

新虫 (初入文坛)
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13楼: Originally posted by bitezhu at 2014-08-29 09:22:23
可是如果这样的话，比如说我的cDNA片段是300bp的，如果是从单链的5‘端分别测，采取PE100的策略的话，两个reads中间就没有重叠部分，拼接的时候又是怎么根据reads的overlap进行组装的呢？...

组装的时候是根据一些算法将reads断成一定长度的Kmer进行overlap组装的，PE reads在之后可以用来验证组装的准确性，或者装成scaffolds（测序之后PE reads是一一对应的）
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15楼2014-08-29 16:23:42
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hmudqzj

木虫 (小有名气)
★
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cDNA一般是单链的，双端测序是指在read的两端都测一段序列
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16楼2014-12-03 17:30:04
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bhappy21

新虫 (初入文坛)
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引用回帖:
13楼: Originally posted by bitezhu at 2014-08-29 09:22:23
可是如果这样的话，比如说我的cDNA片段是300bp的，如果是从单链的5‘端分别测，采取PE100的策略的话，两个reads中间就没有重叠部分，拼接的时候又是怎么根据reads的overlap进行组装的呢？...

随机引物不会从精确的从两端开始，所以不用担心重合问题
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17楼2014-12-05 17:21:40
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dmbb2楼
2014-08-26 22:28   回复  
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cxjzly20083楼
2014-08-26 22:35   回复  
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zls61104楼
2014-08-26 23:06   回复  
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kiss200855375楼
2014-08-26 23:15   回复  
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tzynew6楼
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syhorchid7楼
2014-08-26 23:51   回复  
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tangbohejin8楼
2014-08-27 00:43   回复  
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wizardfan9楼
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xiaomuh15910楼
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阿Q~~11楼
2014-08-27 07:24   回复  
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