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bitezhu

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[交流] 高通量测序，问一个一直以来比较困惑的问题

所谓双端测序，是测合成的双链cDNA的哪一条链呢？还是说同时从双链的两端开始测，得到ＰＥ测序数据？
问题有点弱智，还请各位不吝赐教

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1楼 2014-08-26 22:18:24

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catinshen

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是从双链中每条链的5’端各测一条read。

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12楼2014-08-27 11:11:56

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bitezhu

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12楼: Originally posted by catinshen at 2014-08-27 11:11:56
是从双链中每条链的5’端各测一条read。

可是如果这样的话，比如说我的cDNA片段是300bp的，如果是从单链的5‘端分别测，采取PE100的策略的话，两个reads中间就没有重叠部分，拼接的时候又是怎么根据reads的overlap进行组装的呢？

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13楼2014-08-29 09:22:23

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派派_Ida

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14楼2014-08-29 13:48:10

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Alienlqf

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引用回帖:

13楼: Originally posted by bitezhu at 2014-08-29 09:22:23
可是如果这样的话，比如说我的cDNA片段是300bp的，如果是从单链的5‘端分别测，采取PE100的策略的话，两个reads中间就没有重叠部分，拼接的时候又是怎么根据reads的overlap进行组装的呢？...

组装的时候是根据一些算法将reads断成一定长度的Kmer进行overlap组装的，PE reads在之后可以用来验证组装的准确性，或者装成scaffolds（测序之后PE reads是一一对应的）

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15楼2014-08-29 16:23:42

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