应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 综合其他 » 高通量测序，问一个一直以来比较困惑的问题
171/1返回列表
查看: 2633  |  回复: 16
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

bitezhu

新虫 (初入文坛)

[交流] 高通量测序，问一个一直以来比较困惑的问题

所谓双端测序，是测合成的双链cDNA的哪一条链呢？还是说同时从双链的两端开始测，得到ＰＥ测序数据？
问题有点弱智，还请各位不吝赐教
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2014-08-26 22:18:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

catinshen

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
是从双链中每条链的5’端各测一条read。
赞一下(1人) 回复此楼
12楼2014-08-27 11:11:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bitezhu

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
12楼: Originally posted by catinshen at 2014-08-27 11:11:56
是从双链中每条链的5’端各测一条read。

可是如果这样的话，比如说我的cDNA片段是300bp的，如果是从单链的5‘端分别测，采取PE100的策略的话，两个reads中间就没有重叠部分，拼接的时候又是怎么根据reads的overlap进行组装的呢？
赞一下 回复此楼
13楼2014-08-29 09:22:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

派派_Ida

新虫 (初入文坛)
共求问求解答
回复此楼
14楼2014-08-29 13:48:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Alienlqf

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
13楼: Originally posted by bitezhu at 2014-08-29 09:22:23
可是如果这样的话，比如说我的cDNA片段是300bp的，如果是从单链的5‘端分别测，采取PE100的策略的话，两个reads中间就没有重叠部分，拼接的时候又是怎么根据reads的overlap进行组装的呢？...

组装的时候是根据一些算法将reads断成一定长度的Kmer进行overlap组装的，PE reads在之后可以用来验证组装的准确性，或者装成scaffolds（测序之后PE reads是一一对应的）
赞一下 回复此楼
15楼2014-08-29 16:23:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hmudqzj

木虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
cDNA一般是单链的，双端测序是指在read的两端都测一段序列
赞一下 回复此楼
16楼2014-12-03 17:30:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bhappy21

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
13楼: Originally posted by bitezhu at 2014-08-29 09:22:23
可是如果这样的话，比如说我的cDNA片段是300bp的，如果是从单链的5‘端分别测，采取PE100的策略的话，两个reads中间就没有重叠部分，拼接的时候又是怎么根据reads的overlap进行组装的呢？...

随机引物不会从精确的从两端开始，所以不用担心重合问题
赞一下 回复此楼
17楼2014-12-05 17:21:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
dmbb2楼
2014-08-26 22:28   回复  
bitezhu(金币+1): 谢谢参与
cxjzly20083楼
2014-08-26 22:35   回复  
bitezhu(金币+1): 谢谢参与
zls61104楼
2014-08-26 23:06   回复  
bitezhu(金币+1): 谢谢参与
kiss200855375楼
2014-08-26 23:15   回复  
bitezhu(金币+1): 谢谢参与
tzynew6楼
2014-08-26 23:26   回复  
bitezhu(金币+1): 谢谢参与
syhorchid7楼
2014-08-26 23:51   回复  
bitezhu(金币+1): 谢谢参与
tangbohejin8楼
2014-08-27 00:43   回复  
bitezhu(金币+1): 谢谢参与
wizardfan9楼
2014-08-27 06:33   回复  
bitezhu(金币+1): 谢谢参与
xiaomuh15910楼
2014-08-27 07:14   回复  
bitezhu(金币+1): 谢谢参与
阿Q~~11楼
2014-08-27 07:24   回复  
bitezhu(金币+1): 谢谢参与
相关版块跳转 我要订阅楼主 bitezhu 的主题更新
171/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭