| 查看: 3155 | 回复: 4 | ||||
zzyzeus木虫 (著名写手)
|
[求助]
对 高通量测序 的adaptor不太理解 已有1人参与
|
|
手上拿到了刚刚高通量测序好的raw data，reads长度49bp 直接拿去mapping，发现99%以上都fail掉了 然后查到了要去除 adaptor接头 想问： 1.是每一个read上都有adaptor吗？ 2.adaptor一般出现在3‘还是5’还是3‘5’都有？ 3.adaptor 长度一般是多少？ 4.接问题1，如果不是每一个reads上都有adaptor，是不是需要用一些工具来剔除adaptor？也就是说，一些含adaptor的reads会被截短，而另一些reads保持原长？ 暂时想到这么多问题 谢谢！ |
回复此楼» 猜你喜欢
碳青霉烯类抗生素为何需联用西司他丁钠？ | Biochempartner
已经有0人回复
-
源自蕨类植物的抗炎美白活性分子去甲氧基荚果蕨素 | Biochempartner
已经有0人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有120人回复
-
肠道里的"代谢开关"：Fexaramine用肠道限制性重新定义 FXR 激动剂
已经有0人回复
-
DMXAA：从血管破坏剂到STING通路研究的关键工具分子 | Biochempartner
已经有0人回复
-
靶向PD-L1的人源化单克隆抗体阿特珠单抗
已经有0人回复
-
"探针之父"(+)-JQ-1如何改变表观遗传研究 | Biochempartner
已经有0人回复
-
含氟糖皮质激素的外用抗炎利器醋酸氟轻松
已经有0人回复
-
阿莫奈韦（Amenamevir）：解旋酶-引物酶靶向分子的结构特征与合成路径全解析
已经有0人回复
-
利瑞鲁单抗：靶向KIR的NK细胞检查点工具抗体，结构基础与科研应用全解析
已经有0人回复
-
Wnt-C59：PORCN靶向化学探针，Wnt信号通路阻断机制与科研应用全解析
已经有0人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 高通量测序 序列分析
已经有18人回复
- miRNA高通量测序分析时拷贝数的选取问题
已经有4人回复
- 高通量测序平台汇总
已经有10人回复
- 求助宏基因组高通量测序微生态研究
已经有11人回复
- 关于454高通量测序中Singleton的去除问题？
已经有3人回复
- 请教，有转录组高通量测序的得到的差异表达基因，筛选几个基因出来进行功能鉴定
已经有9人回复
- 有没有比较快的,服务较好的高通量测序公司推荐?
已经有10人回复
- 常规的分子生物学技术如DGGE,T-RFLP等与高通量测序的区别
已经有4人回复
- 二代高通量测序哪个平台好
已经有10人回复
- 454高通量测序
已经有6人回复
- 高通量测序是干什么用的？另外测序后怎样找差异基因
已经有11人回复
- 哪个公司做16S的高通量测序好？
已经有8人回复
- 高通量测序中“群落结构分析柱状图”是如何做的啊
已经有11人回复
- 高通量测序分析微生物物种的丰度
已经有13人回复
- 高通量测序费用
已经有3人回复
- 求助 高通量测序
已经有3人回复
- 请问目前国内有哪些可以做高通量测序的公司？
已经有26人回复
- 请问高通量测序中深度和覆盖度是什么意思？
已经有12人回复
- 高通量测序技术简介
已经有6人回复
biostar2009
专家顾问 (正式写手)
-
专家经验: +220 - MolEPI: 20
- 应助: 231 (大学生)
- 金币: 10403.9
- 散金: 387
- 红花: 63
- 帖子: 540
- 在线: 151.9小时
- 虫号: 2811882
- 注册: 2013-11-19
- 专业: 生物化学
- 管辖: 分子生物
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zzyzeus: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 谢谢！ 2014-05-14 19:25:58
gyesang: 金币+3, 鼓励回帖交流！ 2014-05-14 22:17:06
感谢参与，应助指数 +1
zzyzeus: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 谢谢！ 2014-05-14 19:25:58
gyesang: 金币+3, 鼓励回帖交流！ 2014-05-14 22:17:06
|
白手起家做数据分析？勇气可嘉！ 你这个问题问得不专业，当然，我也不是专业的。。。给你点不专业的信息 我只了解solexa系统 如果是单向测序，只会出现一个linker，就是illumina的P3 linker，illumia有好多linker组合，你要确认你的样品用是哪套。 linker肯定都要做trimming的，这个有软件 pair-end sequencing的情况不太熟悉。 |
2楼2014-05-14 18:44:26
zzyzeus
木虫 (著名写手)
- 应助: 59 (初中生)
- 金币: 3213.7
- 散金: 740
- 红花: 14
- 帖子: 1831
- 在线: 279.9小时
- 虫号: 2940910
- 注册: 2014-01-20
- 专业: 系统生物学
3楼2014-05-14 18:49:45
biostar2009
专家顾问 (正式写手)
-
专家经验: +220 - MolEPI: 20
- 应助: 231 (大学生)
- 金币: 10403.9
- 散金: 387
- 红花: 63
- 帖子: 540
- 在线: 151.9小时
- 虫号: 2811882
- 注册: 2013-11-19
- 专业: 生物化学
- 管辖: 分子生物
4楼2014-05-14 19:00:24
5楼2015-11-03 11:32:55
50