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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » EMSA/ChIP » 对 高通量测序 的adaptor不太理解
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zzyzeus

木虫 (著名写手)

[求助] 对 高通量测序 的adaptor不太理解 已有1人参与

手上拿到了刚刚高通量测序好的raw data，reads长度49bp
直接拿去mapping，发现99%以上都fail掉了
然后查到了要去除 adaptor接头
想问：
1.是每一个read上都有adaptor吗？
2.adaptor一般出现在3‘还是5’还是3‘5’都有？
3.adaptor 长度一般是多少？
4.接问题1，如果不是每一个reads上都有adaptor，是不是需要用一些工具来剔除adaptor？也就是说，一些含adaptor的reads会被截短，而另一些reads保持原长？
暂时想到这么多问题
谢谢！
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1楼 2014-05-14 18:31:33
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biostar2009

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zzyzeus: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 谢谢！ 2014-05-14 19:25:58
gyesang: 金币+3, 鼓励回帖交流！ 2014-05-14 22:17:06
白手起家做数据分析？勇气可嘉！
你这个问题问得不专业，当然，我也不是专业的。。。给你点不专业的信息
我只了解solexa系统
如果是单向测序，只会出现一个linker，就是illumina的P3 linker，illumia有好多linker组合，你要确认你的样品用是哪套。
linker肯定都要做trimming的，这个有软件
pair-end sequencing的情况不太熟悉。
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2楼2014-05-14 18:44:26
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zzyzeus

木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by biostar2009 at 2014-05-14 18:44:26
白手起家做数据分析？勇气可嘉！
你这个问题问得不专业，当然，我也不是专业的。。。给你点不专业的信息
我只了解solexa系统
如果是单向测序，只会出现一个linker，就是illumina的P3 linker，illumia有好多linke ...

不是双端测序，是单端的
您的意思是说，如果有接头的话，那么所有reads序列都会含有这个接头序列？
赞一下 回复此楼
3楼2014-05-14 18:49:45
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biostar2009

专家顾问 (正式写手)
★ ★ ★
gyesang: 金币+3, 鼓励回帖交流！ 2014-05-14 22:17:15
引用回帖:
3楼: Originally posted by zzyzeus at 2014-05-14 18:49:45
不是双端测序，是单端的
您的意思是说，如果有接头的话，那么所有reads序列都会含有这个接头序列？...

这个取决于你测多长，以及你待测的片段有多长
比如，你克隆的片段都是50nt左右，你只测36，那么肯定难有reads能够读到3‘linker
但是你测100，那肯定绝大多数reads都会有linker，而且这还可能不仅是linker，都会延伸到flowcell上的probe
你得仔细读一下solexa测序的材料
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4楼2014-05-14 19:00:24
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dlmuweb

铜虫 (正式写手)
楼主问题解决了吗，你问的问题我也想知道答案，能不能发上来啊
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5楼2015-11-03 11:32:55
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