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zzyzeus木虫 (著名写手)
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对 高通量测序 的adaptor不太理解 已有1人参与
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手上拿到了刚刚高通量测序好的raw data，reads长度49bp 直接拿去mapping，发现99%以上都fail掉了 然后查到了要去除 adaptor接头 想问： 1.是每一个read上都有adaptor吗？ 2.adaptor一般出现在3‘还是5’还是3‘5’都有？ 3.adaptor 长度一般是多少？ 4.接问题1，如果不是每一个reads上都有adaptor，是不是需要用一些工具来剔除adaptor？也就是说，一些含adaptor的reads会被截短，而另一些reads保持原长？ 暂时想到这么多问题 谢谢！ |
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5楼2015-11-03 11:32:55
biostar2009
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白手起家做数据分析？勇气可嘉！ 你这个问题问得不专业，当然，我也不是专业的。。。给你点不专业的信息 我只了解solexa系统 如果是单向测序，只会出现一个linker，就是illumina的P3 linker，illumia有好多linker组合，你要确认你的样品用是哪套。 linker肯定都要做trimming的，这个有软件 pair-end sequencing的情况不太熟悉。 |
2楼2014-05-14 18:44:26
zzyzeus
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3楼2014-05-14 18:49:45
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4楼2014-05-14 19:00:24
30