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leena0114

金虫 (初入文坛)

[求助] DGGE条带为什么稀少不够清晰? 已有3人参与

各位虫友们,帮我看看我做的DGGE,为什么跑出来的条带稀少而暗淡?第一张图是一个月前做的dgge,条带多而清晰,跑胶挺成功,但后续克隆没成功所以这次重做的,可是这次的dgge,与上次同一批DNA样品,PCR体系和条件也一样,为什么跑出的条带比上月的少多了呢?也没第一次的清晰,这是怎么回事。本人是分子生物学新手,求帮忙!第三张图是这次dgge前PCR的琼脂糖条带,条带也不那么清晰,而是有点模糊,且上下有些宽度,这是怎么造成的,与这次DGGE失败有联系吗?

DGGE条带为什么稀少不够清晰?
1.jpg 第一次DGGE,较成功


DGGE条带为什么稀少不够清晰?-1
2.jpg  第二次DGGE 条带暗淡稀少,中间两条带太亮


DGGE条带为什么稀少不够清晰?-2
3.jpg 第二次DGGE前的PCR
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荒野的呼唤

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
前面两张不懂,后面第三张图是不是有引物二聚体啊?你把PCR体系里的引物减少试试。顺便问一下,DGGE是用的什么染色?感觉第一张好清晰
2楼2015-06-18 16:04:10
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Tingting-531

新虫 (初入文坛)

你好,请问你跑DGGE用的MARK是什么MARK?
3楼2015-07-07 15:19:25
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leena0114

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 荒野的呼唤 at 2015-06-18 16:04:10
前面两张不懂,后面第三张图是不是有引物二聚体啊?你把PCR体系里的引物减少试试。顺便问一下,DGGE是用的什么染色?感觉第一张好清晰

PCR体系、加的引物体积每次都一样,为什么第一次的DGGE就能跑的好,这两次用的同一批模板呀。我用EB染色
4楼2015-07-08 16:14:01
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leena0114

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by Tingting-531 at 2015-07-07 15:19:25
你好,请问你跑DGGE用的MARK是什么MARK?

DL2000
5楼2015-07-08 16:14:18
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小情绪你不懂

金虫 (小有名气)

请教楼主、我PCR后跑琼脂糖电泳有DNA条带且正常、为什么跑DGGE胶没有任何条带
6楼2015-07-27 17:58:05
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tianrenmao

新虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 小情绪你不懂 at 2015-07-27 17:58:05
请教楼主、我PCR后跑琼脂糖电泳有DNA条带且正常、为什么跑DGGE胶没有任何条带

变性剂浓度范围调宽一点,

[ 发自小木虫客户端 ]
7楼2015-07-27 20:49:53
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tianrenmao

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

如果所有条件都没变,目测是你的模板DNA时间长了降解了,只剩下dominant那些模板,跑一下模板DNA看一下,

[ 发自小木虫客户端 ]
8楼2015-07-27 20:52:11
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小情绪你不懂

金虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by tianrenmao at 2015-07-27 20:49:53
变性剂浓度范围调宽一点,
...

43%--58%的变性剂、会不会是因为提出的DNA量少?
9楼2015-07-28 09:58:59
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tianrenmao

新虫 (小有名气)

引用回帖:
9楼: Originally posted by 小情绪你不懂 at 2015-07-28 09:58:59
43%--58%的变性剂、会不会是因为提出的DNA量少?...

这个范围忒小了吧,我们那时候都用20-60%

[ 发自小木虫客户端 ]
10楼2015-07-28 10:56:06
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