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关于核酸和蛋白质对接的疑问
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刚开始接触分子对接的内容，小白一枚。想请教一下各位如果要进行ssDNA或者RNA与蛋白质分子的对接需要怎样进行？我的思路是这样的，首先，是对我的配体-核酸进行三维模型的建立，然后选择含我需要的对接位点的已知蛋白质结构选择合适的软件进行对接。我遇见的问题如下： 1、核酸的三维模型预测软件的选择，现在使用的是MC-FOLD的web sever ，但是每次得到的结果一般为20×1000，结构的数目非常庞大，怎样进行选择，怎样判断模型的正确性？ 2、对接软件使用的是Hex，对接速度还是很快的，同样出现最大的问题是不会对结果进行分析，Hex无法识别蛋白质中的小分子，这个问题该怎么解决？ 3、大部分的软件都是英文的教程，大家有没有什么学习心得，英文水平一般，确实搞不定一大片一大片生词的软件说明书。 谢谢大家~ |
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