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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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89509306

银虫 (小有名气)

[求助] NCBI中某个基因的mRNA序列是如何得到的？？ 已有1人参与

NCBI数据库中可以查一个基因的信息，包括全长mRNA序列和蛋白序列。 我想问下，1. 一个基因的mRNA序列是如何确定的？ 2. mRNA序列中还会给出哪部分是CDS区，那CDS区又是如何确定的？ 一直以为是从mRNA第一个碱基往后找，第一个ATG就是CDS开始位置，但是不是这样，查询NCBI数据库时发现很多基因给出的CDS区域之前也有好几个ATG。

请生物信息学的同学或懂行的同学不吝赐教，谢谢！
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1楼 2015-06-02 16:45:20
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
应该是分人工注释和机器注释两种方法得到的。人工注释是研究人员根据实验数据来确定开放阅读框，这种方法准确度高但是获得的数据很少、速度很慢，无法跟上高通量测序短时间内获得大量序列的要求；机器注释是人们根据目前已知的基因特征，比如同源相似等，开发一系列的自动注释程序，然后让计算机分析，目前大部分基因都是用这种方法注释的。NCBI的页面里应该有描述。
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2楼2015-06-02 17:13:41
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89509306

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by liuderong at 2015-06-02 17:13:41
应该是分人工注释和机器注释两种方法得到的。人工注释是研究人员根据实验数据来确定开放阅读框，这种方法准确度高但是获得的数据很少、速度很慢，无法跟上高通量测序短时间内获得大量序列的要求；机器注释是人们根据 ...

也就是说机器注释的mRNA序列 并不代表就是真实的序列，对吧？ 只有来自实验数据，如5‘ RACE ,3' RACE等鉴定出一个mRNA的全长序列还是其真实序列。是不是这样
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3楼2015-06-02 19:24:31
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89509306

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by liuderong at 2015-06-02 17:13:41
应该是分人工注释和机器注释两种方法得到的。人工注释是研究人员根据实验数据来确定开放阅读框，这种方法准确度高但是获得的数据很少、速度很慢，无法跟上高通量测序短时间内获得大量序列的要求；机器注释是人们根据 ...

这里有一个基因的NCBI给出的mRNA序列页面，能告诉我怎么看是机器注释还是人工注释呢？ 谢谢了~~


http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_000600.3

Homo sapiens interleukin 6 (IL6), mRNA
NCBI Reference Sequence: NM_000600.3
FASTA Graphics
Go to:
LOCUS       NM_000600               1201 bp    mRNA    linear   PRI 15-MAR-2015
DEFINITION  Homo sapiens interleukin 6 (IL6), mRNA.
ACCESSION   NM_000600
VERSION     NM_000600.3  GI:224831235
KEYWORDS    RefSeq.
SOURCE      Homo sapiens (human)
  ORGANISM  Homo sapiens
            Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi;
            Mammalia; Eutheria; Euarchontoglires; Primates; Haplorrhini;
            Catarrhini; Hominidae; Homo.
REFERENCE   1  (bases 1 to 1201)
  AUTHORS   Schulz I, Engel C, Niestroj AJ, Kehlen A, Rahfeld JU, Kleinschmidt
            M, Lehmann K, Rossner S and Demuth HU.
  TITLE     A non-canonical function of eukaryotic elongation factor 1A1:
            regulation of interleukin-6 expression
  JOURNAL   Biochim. Biophys. Acta 1843 (5), 965-975 (2014)
   PUBMED   24487064
  REMARK    GeneRIF: eukaryotic elongation factor 1A1 (eEF1A1) was verified as
            the relevant target of HAK bioactivity. eEF1A1 forms complexes with
            STAT3 and PKCdelta, which are crucial for STAT3(S727)
            phosphorylation and for NF-kappaB/STAT3-enhanced interleukin-6
            expression
REFERENCE   2  (bases 1 to 1201)
  AUTHORS   Yang X, Feng L, Li C and Li Y.
  TITLE     Association of IL-6-174G > C and -572C > G polymorphisms with risk
            of young ischemic stroke patients
  JOURNAL   Gene 539 (2), 258-262 (2014)
   PUBMED   24486505
  REMARK    GeneRIF: IL-6-174G > C and -572C > G polymorphisms are associated
            with the risk of ischemic stroke.
REFERENCE   3  (bases 1 to 1201)
  AUTHORS   Wada TT, Araki Y, Sato K, Aizaki Y, Yokota K, Kim YT, Oda H,
            Kurokawa R and Mimura T.
  TITLE     Aberrant histone acetylation contributes to elevated interleukin-6
            production in rheumatoid arthritis synovial fibroblasts
  JOURNAL   Biochem. Biophys. Res. Commun. 444 (4), 682-686 (2014)
   PUBMED   24513290
  REMARK    GeneRIF: IL-6 production is elevated in rheumatoid arthritis
            synovial fibroblasts.  Histone H3 acetylation is increased in the
            IL-6 promoter.
REFERENCE   4  (bases 1 to 1201)
  AUTHORS   Mitchell AM, Possel P, Sjogren E and Kristenson M.
  TITLE     Hopelessness the 'active ingredient'? Associations of hopelessness
            and depressive symptoms with interleukin-6
  JOURNAL   Int J Psychiatry Med 46 (1), 109-117 (2013)
   PUBMED   24547612
  REMARK    GeneRIF: Depressive symptoms and hopelessness are not independent
            predictors of IL-6 levels.
REFERENCE   5  (bases 1 to 1201)
  AUTHORS   Kikkert R, de Groot ER and Aarden LA.
  TITLE     Cytokine induction by pyrogens: comparison of whole blood,
            mononuclear cells, and TLR-transfectants
  JOURNAL   J. Immunol. Methods 336 (1), 45-55 (2008)
   PUBMED   18456276
REFERENCE   6  (bases 1 to 1201)
  AUTHORS   Dinarello CA.
  TITLE     Infection, fever, and exogenous and endogenous pyrogens: some
            concepts have changed
  JOURNAL   J. Endotoxin Res. 10 (4), 201-222 (2004)
   PUBMED   15373964
  REMARK    Review article
REFERENCE   7  (bases 1 to 1201)
  AUTHORS   Chen QY.
  TITLE     [Stable and efficient expression of human interleukin-6 cDNA in
            mammalian cells after gene transfer]
  JOURNAL   Zhonghua Zhong Liu Za Zhi 14 (5), 340-344 (1992)
   PUBMED   1291290
REFERENCE   8  (bases 1 to 1201)
  AUTHORS   May LT and Sehgal PB.
  TITLE     Phosphorylation of interleukin-6 at serine54: an early event in the
            secretory pathway in human fibroblasts
  JOURNAL   Biochem. Biophys. Res. Commun. 185 (2), 524-530 (1992)
   PUBMED   1610348
REFERENCE   9  (bases 1 to 1201)
  AUTHORS   May LT, Shaw JE, Khanna AK, Zabriskie JB and Sehgal PB.
  TITLE     Marked cell-type-specific differences in glycosylation of human
            interleukin-6
  JOURNAL   Cytokine 3 (3), 204-211 (1991)
   PUBMED   1883960
REFERENCE   10 (bases 1 to 1201)
  AUTHORS   Sandler,N.H.
  TITLE     A case of meningitis admitted as schizophrenia
  JOURNAL   J Ky Med Assoc 73 (1), 25-26 (1975)
   PUBMED   1113021
COMMENT     REVIEWED REFSEQ: This record has been curated by NCBI staff. The
            reference sequence was derived from AK301141.1, BC015511.1 and
            AA721478.1.
            This sequence is a reference standard in the RefSeqGene project.
            On Mar 11, 2009 this sequence version replaced gi:155369258.
            
            Summary: This gene encodes a cytokine that functions in
            inflammation and the maturation of B cells. In addition, the
            encoded protein has been shown to be an endogenous pyrogen capable
            of inducing fever in people with autoimmune diseases or infections.
            The protein is primarily produced at sites of acute and chronic
            inflammation, where it is secreted into the serum and induces a
            transcriptional inflammatory response through interleukin 6
            receptor, alpha. The functioning of this gene is implicated in a
            wide variety of inflammation-associated disease states, including
            suspectibility to diabetes mellitus and systemic juvenile
            rheumatoid arthritis. [provided by RefSeq, Jun 2011].
            
            Publication Note:  This RefSeq record includes a subset of the
            publications that are available for this gene. Please see the Gene
            record to access additional publications.
            
            ##Evidence-Data-START##
            Transcript exon combination :: X04430.1, BC015511.1 [ECO:0000332]
            RNAseq introns              :: single sample supports all introns
                                           SAMEA1965299, SAMEA1966682
                                           [ECO:0000348]
            ##Evidence-Data-END##
            COMPLETENESS: complete on the 3' end.
PRIMARY     REFSEQ_SPAN         PRIMARY_IDENTIFIER PRIMARY_SPAN        COMP
            1-67                AK301141.1         1-67
            68-1180             BC015511.1         1-1113
            1181-1201           AA721478.1         1-21                c
FEATURES             Location/Qualifiers
     source          1..1201
                     /organism="Homo sapiens"
                     /mol_type="mRNA"
                     /db_xref="taxon:9606"
                     /chromosome="7"
                     /map="7p21"
     gene            1..1201
                     /gene="IL6"
                     /gene_synonym="BSF2; HGF; HSF; IFNB2; IL-6"
                     /note="interleukin 6"
                     /db_xref="GeneID:3569"
                     /db_xref="HGNC:HGNC:6018"
                     /db_xref="HPRD:00970"
                     /db_xref="MIM:147620"
     exon            1..135
                     /gene="IL6"
                     /gene_synonym="BSF2; HGF; HSF; IFNB2; IL-6"
                     /inference="alignment:Splign:1.39.8"
     misc_feature    30..32
                     /gene="IL6"
                     /gene_synonym="BSF2; HGF; HSF; IFNB2; IL-6"
                     /note="upstream in-frame stop codon"
     CDS             117..755
                     /gene="IL6"
                     /gene_synonym="BSF2; HGF; HSF; IFNB2; IL-6"
                     /note="hybridoma growth factor; interleukin BSF-2; B-cell
                     differentiation factor; CTL differentiation factor; CDF;
                     IFN-beta-2; interferon beta-2; B-cell stimulatory factor
                     2; interferon, beta 2"
                     /codon_start=1
                     /product="interleukin-6 precursor"
                     /protein_id="NP_000591.1"
                     /db_xref="GI:10834984"
                     /db_xref="CCDS:CCDS5375.1"
                     /db_xref="GeneID:3569"
                     /db_xref="HGNC:HGNC:6018"
                     /db_xref="HPRD:00970"
                     /db_xref="MIM:147620"
                     /translation="MNSFSTSAFGPVAFSLGLLLVLPAAFPAPVPPGEDSKDVAAPHR
                     QPLTSSERIDKQIRYILDGISALRKETCNKSNMCESSKEALAENNLNLPKMAEKDGCF
                     QSGFNEETCLVKIITGLLEFEVYLEYLQNRFESSEEQARAVQMSTKVLIQFLQKKAKN
                     LDAITTPDPTTNASLLTKLQAQNQWLQDMTTHLILRSFKEFLQSSLRALRQM"
     sig_peptide     117..203
                     /gene="IL6"
                     /gene_synonym="BSF2; HGF; HSF; IFNB2; IL-6"
     mat_peptide     204..752
                     /gene="IL6"
                     /gene_synonym="BSF2; HGF; HSF; IFNB2; IL-6"
                     /product="interleukin-6"
     exon            136..326
                     /gene="IL6"
                     /gene_synonym="BSF2; HGF; HSF; IFNB2; IL-6"
                     /inference="alignment:Splign:1.39.8"
     exon            327..440
                     /gene="IL6"
                     /gene_synonym="BSF2; HGF; HSF; IFNB2; IL-6"
                     /inference="alignment:Splign:1.39.8"
     exon            441..587
                     /gene="IL6"
                     /gene_synonym="BSF2; HGF; HSF; IFNB2; IL-6"
                     /inference="alignment:Splign:1.39.8"
     exon            588..1184
                     /gene="IL6"
                     /gene_synonym="BSF2; HGF; HSF; IFNB2; IL-6"
                     /inference="alignment:Splign:1.39.8"
     STS             789..1035
                     /gene="IL6"
                     /gene_synonym="BSF2; HGF; HSF; IFNB2; IL-6"
                     /standard_name="D7S2743"
                     /db_xref="UniSTS:20883"
     STS             819..1078
                     /gene="IL6"
                     /gene_synonym="BSF2; HGF; HSF; IFNB2; IL-6"
                     /standard_name="STS-M14584"
                     /db_xref="UniSTS:73733"
     regulatory      1156..1161
                     /regulatory_class="polyA_signal_sequence"
                     /gene="IL6"
                     /gene_synonym="BSF2; HGF; HSF; IFNB2; IL-6"
     polyA_site      1184
                     /gene="IL6"
                     /gene_synonym="BSF2; HGF; HSF; IFNB2; IL-6"
ORIGIN      
        1 aatattagag tctcaacccc caataaatat aggactggag atgtctgagg ctcattctgc
       61 cctcgagccc accgggaacg aaagagaagc tctatctccc ctccaggagc ccagctatga
      121 actccttctc cacaagcgcc ttcggtccag ttgccttctc cctggggctg ctcctggtgt
      181 tgcctgctgc cttccctgcc ccagtacccc caggagaaga ttccaaagat gtagccgccc
      241 cacacagaca gccactcacc tcttcagaac gaattgacaa acaaattcgg tacatcctcg
      301 acggcatctc agccctgaga aaggagacat gtaacaagag taacatgtgt gaaagcagca
      361 aagaggcact ggcagaaaac aacctgaacc ttccaaagat ggctgaaaaa gatggatgct
      421 tccaatctgg attcaatgag gagacttgcc tggtgaaaat catcactggt cttttggagt
      481 ttgaggtata cctagagtac ctccagaaca gatttgagag tagtgaggaa caagccagag
      541 ctgtgcagat gagtacaaaa gtcctgatcc agttcctgca gaaaaaggca aagaatctag
      601 atgcaataac cacccctgac ccaaccacaa atgccagcct gctgacgaag ctgcaggcac
      661 agaaccagtg gctgcaggac atgacaactc atctcattct gcgcagcttt aaggagttcc
      721 tgcagtccag cctgagggct cttcggcaaa tgtagcatgg gcacctcaga ttgttgttgt
      781 taatgggcat tccttcttct ggtcagaaac ctgtccactg ggcacagaac ttatgttgtt
      841 ctctatggag aactaaaagt atgagcgtta ggacactatt ttaattattt ttaatttatt
      901 aatatttaaa tatgtgaagc tgagttaatt tatgtaagtc atatttatat ttttaagaag
      961 taccacttga aacattttat gtattagttt tgaaataata atggaaagtg gctatgcagt
     1021 ttgaatatcc tttgtttcag agccagatca tttcttggaa agtgtaggct tacctcaaat
     1081 aaatggctaa cttatacata tttttaaaga aatatttata ttgtatttat ataatgtata
     1141 aatggttttt ataccaataa atggcatttt aaaaaattca gcaaaaaaaa aaaaaaaaaa
     1201 a
//
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4楼2015-06-02 19:38:50
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

有好几篇参考文献了，说明有实验数据支持，即使最开始是机器注释的，那到现在这个阶段也算是人工验证了。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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5楼2015-06-02 21:07:39
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 89509306 at 2015-06-02 19:24:31
也就是说机器注释的mRNA序列 并不代表就是真实的序列，对吧？ 只有来自实验数据，如5‘ RACE ,3' RACE等鉴定出一个mRNA的全长序列还是其真实序列。是不是这样...

机器注释的确仅仅是一个参考，不过目前的算法还算成熟，很多预测的都是实际存在的。如果有确切的实验数据说明机器注释的有问题，那就应该以实验为准。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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6楼2015-06-02 21:11:36
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