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[求助] NCBI中某个基因的mRNA序列是如何得到的？？已有1人参与

NCBI数据库中可以查一个基因的信息，包括全长mRNA序列和蛋白序列。我想问下，1. 一个基因的mRNA序列是如何确定的？ 2. mRNA序列中还会给出哪部分是CDS区，那CDS区又是如何确定的？一直以为是从mRNA第一个碱基往后找，第一个ATG就是CDS开始位置，但是不是这样，查询NCBI数据库时发现很多基因给出的CDS区域之前也有好几个ATG。

请生物信息学的同学或懂行的同学不吝赐教，谢谢！

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1楼2015-06-02 16:45:20

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liuderong

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【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1

应该是分人工注释和机器注释两种方法得到的。人工注释是研究人员根据实验数据来确定开放阅读框，这种方法准确度高但是获得的数据很少、速度很慢，无法跟上高通量测序短时间内获得大量序列的要求；机器注释是人们根据目前已知的基因特征，比如同源相似等，开发一系列的自动注释程序，然后让计算机分析，目前大部分基因都是用这种方法注释的。NCBI的页面里应该有描述。

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2楼2015-06-02 17:13:41

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引用回帖:

2楼: Originally posted by liuderong at 2015-06-02 17:13:41
应该是分人工注释和机器注释两种方法得到的。人工注释是研究人员根据实验数据来确定开放阅读框，这种方法准确度高但是获得的数据很少、速度很慢，无法跟上高通量测序短时间内获得大量序列的要求；机器注释是人们根据 ...

也就是说机器注释的mRNA序列并不代表就是真实的序列，对吧？只有来自实验数据，如5‘ RACE ,3' RACE等鉴定出一个mRNA的全长序列还是其真实序列。是不是这样

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3楼2015-06-02 19:24:31

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引用回帖:

这里有一个基因的NCBI给出的mRNA序列页面，能告诉我怎么看是机器注释还是人工注释呢？谢谢了~~

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_000600.3

Homo sapiens interleukin 6 (IL6), mRNA
NCBI Reference Sequence: NM_000600.3
FASTA Graphics
Go to:
LOCUS    NM_000600             1201 bp mRNA linear PRI 15-MAR-2015
DEFINITION  Homo sapiens interleukin 6 (IL6), mRNA.
ACCESSION NM_000600
VERSION    NM_000600.3  GI:224831235
KEYWORDS RefSeq.
SOURCE    Homo sapiens (human)
  ORGANISM  Homo sapiens
         Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi;
         Mammalia; Eutheria; Euarchontoglires; Primates; Haplorrhini;
         Catarrhini; Hominidae; Homo.
REFERENCE 1  (bases 1 to 1201)
  AUTHORS Schulz I, Engel C, Niestroj AJ, Kehlen A, Rahfeld JU, Kleinschmidt
         M, Lehmann K, Rossner S and Demuth HU.
  TITLE    A non-canonical function of eukaryotic elongation factor 1A1:
         regulation of interleukin-6 expression
  JOURNAL Biochim. Biophys. Acta 1843 (5), 965-975 (2014)
PUBMED 24487064
  REMARK GeneRIF: eukaryotic elongation factor 1A1 (eEF1A1) was verified as
         the relevant target of HAK bioactivity. eEF1A1 forms complexes with
         STAT3 and PKCdelta, which are crucial for STAT3(S727)
         phosphorylation and for NF-kappaB/STAT3-enhanced interleukin-6
         expression
REFERENCE 2  (bases 1 to 1201)
  AUTHORS Yang X, Feng L, Li C and Li Y.
  TITLE    Association of IL-6-174G > C and -572C > G polymorphisms with risk
         of young ischemic stroke patients
  JOURNAL Gene 539 (2), 258-262 (2014)
PUBMED 24486505
  REMARK GeneRIF: IL-6-174G > C and -572C > G polymorphisms are associated
         with the risk of ischemic stroke.
REFERENCE 3  (bases 1 to 1201)
  AUTHORS Wada TT, Araki Y, Sato K, Aizaki Y, Yokota K, Kim YT, Oda H,
         Kurokawa R and Mimura T.
  TITLE    Aberrant histone acetylation contributes to elevated interleukin-6
         production in rheumatoid arthritis synovial fibroblasts
  JOURNAL Biochem. Biophys. Res. Commun. 444 (4), 682-686 (2014)
PUBMED 24513290
  REMARK GeneRIF: IL-6 production is elevated in rheumatoid arthritis
         synovial fibroblasts.  Histone H3 acetylation is increased in the
         IL-6 promoter.
REFERENCE 4  (bases 1 to 1201)
  AUTHORS Mitchell AM, Possel P, Sjogren E and Kristenson M.
  TITLE    Hopelessness the 'active ingredient'? Associations of hopelessness
         and depressive symptoms with interleukin-6
  JOURNAL Int J Psychiatry Med 46 (1), 109-117 (2013)
PUBMED 24547612
  REMARK GeneRIF: Depressive symptoms and hopelessness are not independent
         predictors of IL-6 levels.
REFERENCE 5  (bases 1 to 1201)
  AUTHORS Kikkert R, de Groot ER and Aarden LA.
  TITLE    Cytokine induction by pyrogens: comparison of whole blood,
         mononuclear cells, and TLR-transfectants
  JOURNAL J. Immunol. Methods 336 (1), 45-55 (2008)
PUBMED 18456276
REFERENCE 6  (bases 1 to 1201)
  AUTHORS Dinarello CA.
  TITLE    Infection, fever, and exogenous and endogenous pyrogens: some
         concepts have changed
  JOURNAL J. Endotoxin Res. 10 (4), 201-222 (2004)
PUBMED 15373964
  REMARK Review article
REFERENCE 7  (bases 1 to 1201)
  AUTHORS Chen QY.
  TITLE    [Stable and efficient expression of human interleukin-6 cDNA in
         mammalian cells after gene transfer]
  JOURNAL Zhonghua Zhong Liu Za Zhi 14 (5), 340-344 (1992)
PUBMED 1291290
REFERENCE 8  (bases 1 to 1201)
  AUTHORS May LT and Sehgal PB.
  TITLE    Phosphorylation of interleukin-6 at serine54: an early event in the
         secretory pathway in human fibroblasts
  JOURNAL Biochem. Biophys. Res. Commun. 185 (2), 524-530 (1992)
PUBMED 1610348
REFERENCE 9  (bases 1 to 1201)
  AUTHORS May LT, Shaw JE, Khanna AK, Zabriskie JB and Sehgal PB.
  TITLE    Marked cell-type-specific differences in glycosylation of human
         interleukin-6
  JOURNAL Cytokine 3 (3), 204-211 (1991)
PUBMED 1883960
REFERENCE 10 (bases 1 to 1201)
  AUTHORS Sandler,N.H.
  TITLE    A case of meningitis admitted as schizophrenia
  JOURNAL J Ky Med Assoc 73 (1), 25-26 (1975)
PUBMED 1113021
COMMENT    REVIEWED REFSEQ: This record has been curated by NCBI staff. The
         reference sequence was derived from AK301141.1, BC015511.1 and
         AA721478.1.
         This sequence is a reference standard in the RefSeqGene project.
         On Mar 11, 2009 this sequence version replaced gi:155369258.

         Summary: This gene encodes a cytokine that functions in
         inflammation and the maturation of B cells. In addition, the
         encoded protein has been shown to be an endogenous pyrogen capable
         of inducing fever in people with autoimmune diseases or infections.
         The protein is primarily produced at sites of acute and chronic
         inflammation, where it is secreted into the serum and induces a
         transcriptional inflammatory response through interleukin 6
         receptor, alpha. The functioning of this gene is implicated in a
         wide variety of inflammation-associated disease states, including
         suspectibility to diabetes mellitus and systemic juvenile
         rheumatoid arthritis. [provided by RefSeq, Jun 2011].

         Publication Note:  This RefSeq record includes a subset of the
         publications that are available for this gene. Please see the Gene
         record to access additional publications.

         ##Evidence-Data-START##
         Transcript exon combination :: X04430.1, BC015511.1 [ECO:0000332]
         RNAseq introns             :: single sample supports all introns
                                       SAMEA1965299, SAMEA1966682
                                       [ECO:0000348]
         ##Evidence-Data-END##
         COMPLETENESS: complete on the 3' end.
PRIMARY    REFSEQ_SPAN       PRIMARY_IDENTIFIER PRIMARY_SPAN       COMP
         1-67             AK301141.1       1-67
         68-1180          BC015511.1       1-1113
         1181-1201          AA721478.1       1-21             c
FEATURES          Location/Qualifiers
   source       1..1201
                  /organism="Homo sapiens"
                  /mol_type="mRNA"
                  /db_xref="taxon:9606"
                  /chromosome="7"
                  /map="7p21"
   gene          1..1201
                  /gene="IL6"
                  /gene_synonym="BSF2; HGF; HSF; IFNB2; IL-6"
                  /note="interleukin 6"
                  /db_xref="GeneID:3569"
                  /db_xref="HGNC:HGNC:6018"
                  /db_xref="HPRD:00970"
                  /db_xref="MIM:147620"
   exon          1..135
                  /gene="IL6"
                  /gene_synonym="BSF2; HGF; HSF; IFNB2; IL-6"
                  /inference="alignment:Splign:1.39.8"
   misc_feature 30..32
                  /gene="IL6"
                  /gene_synonym="BSF2; HGF; HSF; IFNB2; IL-6"
                  /note="upstream in-frame stop codon"
   CDS          117..755
                  /gene="IL6"
                  /gene_synonym="BSF2; HGF; HSF; IFNB2; IL-6"
                  /note="hybridoma growth factor; interleukin BSF-2; B-cell
                  differentiation factor; CTL differentiation factor; CDF;
                  IFN-beta-2; interferon beta-2; B-cell stimulatory factor
                  2; interferon, beta 2"
                  /codon_start=1
                  /product="interleukin-6 precursor"
                  /protein_id="NP_000591.1"
                  /db_xref="GI:10834984"
                  /db_xref="CCDS:CCDS5375.1"
                  /db_xref="GeneID:3569"
                  /db_xref="HGNC:HGNC:6018"
                  /db_xref="HPRD:00970"
                  /db_xref="MIM:147620"
                  /translation="MNSFSTSAFGPVAFSLGLLLVLPAAFPAPVPPGEDSKDVAAPHR
                  QPLTSSERIDKQIRYILDGISALRKETCNKSNMCESSKEALAENNLNLPKMAEKDGCF
                  QSGFNEETCLVKIITGLLEFEVYLEYLQNRFESSEEQARAVQMSTKVLIQFLQKKAKN
                  LDAITTPDPTTNASLLTKLQAQNQWLQDMTTHLILRSFKEFLQSSLRALRQM"
   sig_peptide    117..203
                  /gene="IL6"
                  /gene_synonym="BSF2; HGF; HSF; IFNB2; IL-6"
   mat_peptide    204..752
                  /gene="IL6"
                  /gene_synonym="BSF2; HGF; HSF; IFNB2; IL-6"
                  /product="interleukin-6"
   exon          136..326
                  /gene="IL6"
                  /gene_synonym="BSF2; HGF; HSF; IFNB2; IL-6"
                  /inference="alignment:Splign:1.39.8"
   exon          327..440
                  /gene="IL6"
                  /gene_synonym="BSF2; HGF; HSF; IFNB2; IL-6"
                  /inference="alignment:Splign:1.39.8"
   exon          441..587
                  /gene="IL6"
                  /gene_synonym="BSF2; HGF; HSF; IFNB2; IL-6"
                  /inference="alignment:Splign:1.39.8"
   exon          588..1184
                  /gene="IL6"
                  /gene_synonym="BSF2; HGF; HSF; IFNB2; IL-6"
                  /inference="alignment:Splign:1.39.8"
   STS          789..1035
                  /gene="IL6"
                  /gene_synonym="BSF2; HGF; HSF; IFNB2; IL-6"
                  /standard_name="D7S2743"
                  /db_xref="UniSTS:20883"
   STS          819..1078
                  /gene="IL6"
                  /gene_synonym="BSF2; HGF; HSF; IFNB2; IL-6"
                  /standard_name="STS-M14584"
                  /db_xref="UniSTS:73733"
   regulatory    1156..1161
                  /regulatory_class="polyA_signal_sequence"
                  /gene="IL6"
                  /gene_synonym="BSF2; HGF; HSF; IFNB2; IL-6"
   polyA_site    1184
                  /gene="IL6"
                  /gene_synonym="BSF2; HGF; HSF; IFNB2; IL-6"
ORIGIN
      1 aatattagag tctcaacccc caataaatat aggactggag atgtctgagg ctcattctgc
   61 cctcgagccc accgggaacg aaagagaagc tctatctccc ctccaggagc ccagctatga
   121 actccttctc cacaagcgcc ttcggtccag ttgccttctc cctggggctg ctcctggtgt
   181 tgcctgctgc cttccctgcc ccagtacccc caggagaaga ttccaaagat gtagccgccc
   241 cacacagaca gccactcacc tcttcagaac gaattgacaa acaaattcgg tacatcctcg
   301 acggcatctc agccctgaga aaggagacat gtaacaagag taacatgtgt gaaagcagca
   361 aagaggcact ggcagaaaac aacctgaacc ttccaaagat ggctgaaaaa gatggatgct
   421 tccaatctgg attcaatgag gagacttgcc tggtgaaaat catcactggt cttttggagt
   481 ttgaggtata cctagagtac ctccagaaca gatttgagag tagtgaggaa caagccagag
   541 ctgtgcagat gagtacaaaa gtcctgatcc agttcctgca gaaaaaggca aagaatctag
   601 atgcaataac cacccctgac ccaaccacaa atgccagcct gctgacgaag ctgcaggcac
   661 agaaccagtg gctgcaggac atgacaactc atctcattct gcgcagcttt aaggagttcc
   721 tgcagtccag cctgagggct cttcggcaaa tgtagcatgg gcacctcaga ttgttgttgt
   781 taatgggcat tccttcttct ggtcagaaac ctgtccactg ggcacagaac ttatgttgtt
   841 ctctatggag aactaaaagt atgagcgtta ggacactatt ttaattattt ttaatttatt
   901 aatatttaaa tatgtgaagc tgagttaatt tatgtaagtc atatttatat ttttaagaag
   961 taccacttga aacattttat gtattagttt tgaaataata atggaaagtg gctatgcagt
   1021 ttgaatatcc tttgtttcag agccagatca tttcttggaa agtgtaggct tacctcaaat
   1081 aaatggctaa cttatacata tttttaaaga aatatttata ttgtatttat ataatgtata
   1141 aatggttttt ataccaataa atggcatttt aaaaaattca gcaaaaaaaa aaaaaaaaaa
   1201 a
//

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4楼2015-06-02 19:38:50

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【答案】应助回帖

有好几篇参考文献了，说明有实验数据支持，即使最开始是机器注释的，那到现在这个阶段也算是人工验证了。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]

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5楼2015-06-02 21:07:39

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3楼: Originally posted by 89509306 at 2015-06-02 19:24:31
也就是说机器注释的mRNA序列并不代表就是真实的序列，对吧？只有来自实验数据，如5‘ RACE ,3' RACE等鉴定出一个mRNA的全长序列还是其真实序列。是不是这样...

机器注释的确仅仅是一个参考，不过目前的算法还算成熟，很多预测的都是实际存在的。如果有确切的实验数据说明机器注释的有问题，那就应该以实验为准。

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6楼2015-06-02 21:11:36

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