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po390

金虫 (小有名气)

[求助] VMD与lammpstrj文件 已有2人参与

我VMD导入用LAMMPS生成的lammpstrj文件时，分子之间的成建情况十分混乱（如下图），请教各位有什么好的解决方法吗？

VMD与lammpstrj文件
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1楼 2015-05-12 15:39:23
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)
楼主的问题解决了没有呢？我也遇到同样的问题了
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2楼2015-07-24 09:23:26
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feeather

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

引用回帖:
2楼: Originally posted by 赵红霞 at 2015-07-24 09:23:26
楼主的问题解决了没有呢？我也遇到同样的问题了

简单看一下vmd的手册吧。在graphics→representations下具体调整。

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3楼2015-07-24 22:51:15
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po390

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by feeather at 2015-07-24 22:51:15
简单看一下vmd的手册吧。在graphics→representations下具体调整。
...

感谢你的回复，回复的有点晚，不好意思！我知道在将原子显示调成VDW之后，分子键的显示就不会混乱。但我想解决的是，如何在line的模式下分子键不会显示混乱，更确切的说是读取lammps轨迹文件时可以读取到轨迹文件的分子成建信息和拓扑结构信息，是否需要加载类似psf的文件？
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4楼2015-09-28 15:52:59
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haiyuntianya

铁虫 (小有名气)
楼主问题解决了吗？据我所知好像是要先加载psf的吧，但是周期性边界条件问题怎么解决？

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5楼2015-10-03 19:08:24
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po390

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by haiyuntianya at 2015-10-03 19:08:24
楼主问题解决了吗？据我所知好像是要先加载psf的吧，但是周期性边界条件问题怎么解决？

问题不太好解决，因为data文件的拓扑信息不足，而且因为我不是用VMD建模的，所以我也缺乏psf文件。
但我试了下，用VMD建模，直接生成psf文件与data文件，生成lammps轨迹文件后，先加载psf文件，再加载轨迹文件（可以让lammps生成dcd文件），在line的模式下分子成键就不会混乱。如果没有psf文件，那就不好解决了。
关于周期边界的问题，我没有遇到，我觉得只要解决psf文件的问题，将初始构型定好，应该不会有太大问题。
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6楼2015-10-21 21:05:50
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alundilong

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by po390 at 2015-10-21 07:05:50
问题不太好解决，因为data文件的拓扑信息不足，而且因为我不是用VMD建模的，所以我也缺乏psf文件。
但我试了下，用VMD建模，直接生成psf文件与data文件，生成lammps轨迹文件后，先加载psf文件，再加载轨迹文件（可 ...

关于周期边界可以尝试：
pbc wrap -compound res -all -shiftcenterrel {0 0 0}
pbc box
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7楼2015-10-21 22:30:14
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记忆的拾荒者

新虫 (初入文坛)
想问一下 如果是用ms建完模型后 怎么用vmd 观察呢
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8楼2016-10-17 19:42:50
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guozhijing

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 记忆的拾荒者 at 2016-10-17 19:42:50
想问一下 如果是用ms建完模型后 怎么用vmd 观察呢

保存为pdb格式就可以

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人生最精彩的不是实现梦想的瞬间，而是坚持梦想的过程
9楼2016-10-19 11:15:31
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