应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » VMD与lammpstrj文件
91/1返回列表
查看: 4278  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

po390

金虫 (小有名气)

[求助] VMD与lammpstrj文件 已有2人参与

我VMD导入用LAMMPS生成的lammpstrj文件时，分子之间的成建情况十分混乱（如下图），请教各位有什么好的解决方法吗？

VMD与lammpstrj文件
BV83]C2M}C_PC(]T8T5S$@P.png
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2015-05-12 15:39:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)
楼主的问题解决了没有呢？我也遇到同样的问题了
赞一下 回复此楼
2楼2015-07-24 09:23:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

feeather

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

引用回帖:
2楼: Originally posted by 赵红霞 at 2015-07-24 09:23:26
楼主的问题解决了没有呢？我也遇到同样的问题了

简单看一下vmd的手册吧。在graphics→representations下具体调整。

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
3楼2015-07-24 22:51:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

po390

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by feeather at 2015-07-24 22:51:15
简单看一下vmd的手册吧。在graphics→representations下具体调整。
...

感谢你的回复，回复的有点晚，不好意思！我知道在将原子显示调成VDW之后，分子键的显示就不会混乱。但我想解决的是，如何在line的模式下分子键不会显示混乱，更确切的说是读取lammps轨迹文件时可以读取到轨迹文件的分子成建信息和拓扑结构信息，是否需要加载类似psf的文件？
赞一下 回复此楼
4楼2015-09-28 15:52:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

haiyuntianya

铁虫 (小有名气)
楼主问题解决了吗？据我所知好像是要先加载psf的吧，但是周期性边界条件问题怎么解决？

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
5楼2015-10-03 19:08:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

po390

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by haiyuntianya at 2015-10-03 19:08:24
楼主问题解决了吗？据我所知好像是要先加载psf的吧，但是周期性边界条件问题怎么解决？

问题不太好解决，因为data文件的拓扑信息不足，而且因为我不是用VMD建模的，所以我也缺乏psf文件。
但我试了下，用VMD建模，直接生成psf文件与data文件，生成lammps轨迹文件后，先加载psf文件，再加载轨迹文件（可以让lammps生成dcd文件），在line的模式下分子成键就不会混乱。如果没有psf文件，那就不好解决了。
关于周期边界的问题，我没有遇到，我觉得只要解决psf文件的问题，将初始构型定好，应该不会有太大问题。
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2015-10-21 21:05:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

alundilong

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by po390 at 2015-10-21 07:05:50
问题不太好解决，因为data文件的拓扑信息不足，而且因为我不是用VMD建模的，所以我也缺乏psf文件。
但我试了下，用VMD建模，直接生成psf文件与data文件，生成lammps轨迹文件后，先加载psf文件，再加载轨迹文件（可 ...

关于周期边界可以尝试：
pbc wrap -compound res -all -shiftcenterrel {0 0 0}
pbc box
赞一下 回复此楼
7楼2015-10-21 22:30:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

记忆的拾荒者

新虫 (初入文坛)
想问一下 如果是用ms建完模型后 怎么用vmd 观察呢
赞一下 回复此楼
8楼2016-10-17 19:42:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

guozhijing

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 记忆的拾荒者 at 2016-10-17 19:42:50
想问一下 如果是用ms建完模型后 怎么用vmd 观察呢

保存为pdb格式就可以

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
人生最精彩的不是实现梦想的瞬间，而是坚持梦想的过程
9楼2016-10-19 11:15:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 po390 的主题更新
91/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] filecode=后面第一个是大写字母 +3 wangze12014 2026-08-14 4/200 2026-08-15 18:05 by babangida
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 7lpolszZVXgi 2026-08-14 6/300 2026-08-15 17:58 by 7huP8NPKZCp9
[基金申请] 欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律 +27 医学老男孩 2026-08-13 58/2900 2026-08-15 15:57 by GZUZM
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 7lpolszZVXgi 2026-08-14 3/150 2026-08-15 14:53 by QXtWNz7PI7wZ
[基金申请] 有时候，自然基金真的不能太认真 （我的申报经验） +7 majunge000 2026-08-11 9/450 2026-08-15 13:34 by kiz2011
[博后之家] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 k0dTPqJtl0jt 2026-08-14 3/150 2026-08-15 12:41 by KxMI1BYBxWX1
[考博] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 k0dTPqJtl0jt 2026-08-14 3/150 2026-08-15 12:33 by KxMI1BYBxWX1
[基金申请] 关于Filecode分析方法 +10 majunge000 2026-08-10 13/650 2026-08-15 12:26 by hanpeng972
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 HFw0lei2R37i 2026-08-14 9/450 2026-08-15 11:33 by KxMI1BYBxWX1
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +5 7lpolszZVXgi 2026-08-14 6/300 2026-08-15 09:28 by sunzitan
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 k0dTPqJtl0jt 2026-08-14 5/250 2026-08-15 07:09 by 4wMiSEwB6436
[考博] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +4 k0dTPqJtl0jt 2026-08-14 5/250 2026-08-15 04:45 by 4wMiSEwB6436
[论文投稿] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 HFw0lei2R37i 2026-08-14 5/250 2026-08-15 00:16 by 4wMiSEwB6436
[基金申请] 咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否 +7 启萌科技 2026-08-12 22/1100 2026-08-14 23:45 by Noways
[基金申请] 奇怪，两个人的filecode固定段从头到尾一模一样 +8 布布和一二 2026-08-10 11/550 2026-08-14 14:58 by Equinoxhua
[基金申请] filecode +15 documentary 2026-08-10 17/850 2026-08-14 10:08 by kissu88
[基金申请] 我的国基提前知道中了，可是同事的操作让我实在接受不了，怎么会有这样的人 +10 家与远方 2026-08-10 15/750 2026-08-14 02:08 by 绵羊哥哥
[文学芳草园] 阿姨 +4 汪汪锅 2026-08-09 4/200 2026-08-13 19:43 by arzu_hma
[基金申请] 静等基金结果 +8 gjjjzhong 2026-08-10 21/1050 2026-08-13 17:56 by 且听虎啸
[基金申请] 综述论文作为代表作会不会影响评审专家的印象分？ +11 yufeiwaner 2026-08-09 13/650 2026-08-12 08:17 by yufeiwaner
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭