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po390

金虫 (小有名气)

[求助] VMD与lammpstrj文件 已有2人参与

我VMD导入用LAMMPS生成的lammpstrj文件时,分子之间的成建情况十分混乱(如下图),请教各位有什么好的解决方法吗?

VMD与lammpstrj文件
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feeather

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

引用回帖:
2楼: Originally posted by 赵红霞 at 2015-07-24 09:23:26
楼主的问题解决了没有呢?我也遇到同样的问题了

简单看一下vmd的手册吧。在graphics→representations下具体调整。

[ 发自小木虫客户端 ]
3楼2015-07-24 22:51:15
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查看全部 9 个回答

赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

楼主的问题解决了没有呢?我也遇到同样的问题了
2楼2015-07-24 09:23:26
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po390

金虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by feeather at 2015-07-24 22:51:15
简单看一下vmd的手册吧。在graphics→representations下具体调整。
...

感谢你的回复,回复的有点晚,不好意思!我知道在将原子显示调成VDW之后,分子键的显示就不会混乱。但我想解决的是,如何在line的模式下分子键不会显示混乱,更确切的说是读取lammps轨迹文件时可以读取到轨迹文件的分子成建信息和拓扑结构信息,是否需要加载类似psf的文件?
4楼2015-09-28 15:52:59
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haiyuntianya

铁虫 (小有名气)

楼主问题解决了吗?据我所知好像是要先加载psf的吧,但是周期性边界条件问题怎么解决?

发自小木虫Android客户端
5楼2015-10-03 19:08:24
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