应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » VMD与lammpstrj文件
91/1返回列表
查看: 3993  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

po390

金虫 (小有名气)

[求助] VMD与lammpstrj文件 已有2人参与

我VMD导入用LAMMPS生成的lammpstrj文件时，分子之间的成建情况十分混乱（如下图），请教各位有什么好的解决方法吗？

VMD与lammpstrj文件
BV83]C2M}C_PC(]T8T5S$@P.png
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2015-05-12 15:39:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)
楼主的问题解决了没有呢？我也遇到同样的问题了
赞一下 回复此楼
2楼2015-07-24 09:23:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

feeather

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

引用回帖:
2楼: Originally posted by 赵红霞 at 2015-07-24 09:23:26
楼主的问题解决了没有呢？我也遇到同样的问题了

简单看一下vmd的手册吧。在graphics→representations下具体调整。

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
3楼2015-07-24 22:51:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

po390

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by feeather at 2015-07-24 22:51:15
简单看一下vmd的手册吧。在graphics→representations下具体调整。
...

感谢你的回复，回复的有点晚，不好意思！我知道在将原子显示调成VDW之后，分子键的显示就不会混乱。但我想解决的是，如何在line的模式下分子键不会显示混乱，更确切的说是读取lammps轨迹文件时可以读取到轨迹文件的分子成建信息和拓扑结构信息，是否需要加载类似psf的文件？
赞一下 回复此楼
4楼2015-09-28 15:52:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

haiyuntianya

铁虫 (小有名气)
楼主问题解决了吗？据我所知好像是要先加载psf的吧，但是周期性边界条件问题怎么解决？

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
5楼2015-10-03 19:08:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

po390

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by haiyuntianya at 2015-10-03 19:08:24
楼主问题解决了吗？据我所知好像是要先加载psf的吧，但是周期性边界条件问题怎么解决？

问题不太好解决，因为data文件的拓扑信息不足，而且因为我不是用VMD建模的，所以我也缺乏psf文件。
但我试了下，用VMD建模，直接生成psf文件与data文件，生成lammps轨迹文件后，先加载psf文件，再加载轨迹文件（可以让lammps生成dcd文件），在line的模式下分子成键就不会混乱。如果没有psf文件，那就不好解决了。
关于周期边界的问题，我没有遇到，我觉得只要解决psf文件的问题，将初始构型定好，应该不会有太大问题。
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2015-10-21 21:05:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

alundilong

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by po390 at 2015-10-21 07:05:50
问题不太好解决，因为data文件的拓扑信息不足，而且因为我不是用VMD建模的，所以我也缺乏psf文件。
但我试了下，用VMD建模，直接生成psf文件与data文件，生成lammps轨迹文件后，先加载psf文件，再加载轨迹文件（可 ...

关于周期边界可以尝试：
pbc wrap -compound res -all -shiftcenterrel {0 0 0}
pbc box
赞一下 回复此楼
7楼2015-10-21 22:30:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

记忆的拾荒者

新虫 (初入文坛)
想问一下 如果是用ms建完模型后 怎么用vmd 观察呢
赞一下 回复此楼
8楼2016-10-17 19:42:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

guozhijing

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 记忆的拾荒者 at 2016-10-17 19:42:50
想问一下 如果是用ms建完模型后 怎么用vmd 观察呢

保存为pdb格式就可以

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
人生最精彩的不是实现梦想的瞬间，而是坚持梦想的过程
9楼2016-10-19 11:15:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 po390 的主题更新
91/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 生物学调剂 +10 小冉要努力 2026-04-10 11/550 2026-04-13 09:34 by 紫曦紫棋
[考研] 化工求调剂！ +36 RichLi_ 2026-04-06 36/1800 2026-04-13 09:08 by lhj2009
[考研] 材料与化工调剂 10+11 下一站上岸@ 2026-04-10 38/1900 2026-04-13 09:03 by lhj2009
[考研] 071000生物学，一志愿深圳大学296分，求调剂 +13 TIckLw 2026-04-06 14/700 2026-04-13 08:49 by 可淡不可忘
[考研] 290调剂生物0860 +28 哇哈哈，。 2026-04-11 31/1550 2026-04-13 01:16 by 幸免 ..
[考研] 电气专硕320求调剂 +6 小麻子111 2026-04-10 6/300 2026-04-12 10:54 by lemon6009
[考研] 一志愿华中农微生物，288分，三年实验经历 +11 代fish 2026-04-09 11/550 2026-04-12 10:21 by Hayaay
[考研] 293求调剂 +8 勇远库爱314 2026-04-06 8/400 2026-04-11 20:25 by 蓝云思雨
[考研] 求调剂，一志愿大连理工大学354分 +5 雨声余生 2026-04-11 6/300 2026-04-11 16:12 by 雨声余生
[考研] 求调剂 +3 胃痉挛累了 2026-04-11 5/250 2026-04-11 14:13 by luhong1990
[考研] 275求调剂 +9 1624447980 2026-04-08 10/500 2026-04-11 10:20 by Delta2012
[考研] 一志愿985机械学硕380求调剂 +5 关关雎鸠10 2026-04-11 5/250 2026-04-11 10:10 by 知念。A
[考研] 一志愿东北大学控制工程085406数二英二385，求调剂 +8 Ezra_Zhang 2026-04-09 8/400 2026-04-11 09:15 by 猪会飞
[考研] 314求调剂 +18 xhhdjdjsjks 2026-04-09 19/950 2026-04-10 18:53 by HPUCZ
[考研] 一志愿京区985，085401电子信息，本科电子信息 +3 阳光开朗的男孩 2026-04-10 3/150 2026-04-10 16:29 by sophia_93
[考研] 353求调剂 +8 晴空万里air 2026-04-07 8/400 2026-04-09 00:18 by GouQ
[考研] 296求调剂 +3 汪！？！ 2026-04-08 3/150 2026-04-08 22:00 by zhouyuwinner
[考研] 材料科学与工程320求调剂，080500 +12 黄瓜味薯片 2026-04-06 12/600 2026-04-08 16:26 by luoyongfeng
[考研] 338求调剂 +8 wxygxsaaaaa 2026-04-06 8/400 2026-04-08 06:58 by 无际的草原
[考研] 一志愿西南090202求调剂 +4 在线求有学上 2026-04-07 4/200 2026-04-07 19:47 by biomichael
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭