24小时热门版块排行榜

返回列表

当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

po390

金虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 1411.5
散金: 20
帖子: 106
在线: 75.2小时
虫号: 1442167
注册: 2011-10-14
专业: 理论和计算化学

[求助] VMD与lammpstrj文件已有2人参与

我VMD导入用LAMMPS生成的lammpstrj文件时，分子之间的成建情况十分混乱（如下图），请教各位有什么好的解决方法吗？

BV83]C2M}C_PC(]T8T5S$@P.png

回复此楼

» 猜你喜欢

导师想让我从独立一作变成了共一第一已经有9人回复
博士读完未来一定会好吗已经有23人回复
到新单位后，换了新的研究方向，没有团队，持续积累2区以上论文，能申请到面上吗已经有11人回复
读博已经有4人回复
JMPT 期刊投稿流程已经有4人回复
心脉受损已经有5人回复
Springer期刊投稿求助已经有4人回复
小论文投稿已经有3人回复
申请2026年博士已经有6人回复

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

运行之后水分子怎么乱了,氢氧键跑老远,上图,上in data文件已经有12人回复
Ubuntu下安装lammps单机版（no MPI，no FFT）几点心得已经有5人回复
关于VMD批量导入的问题已经有13人回复
LAMMPS的轨迹文件怎么转换为VMD的PDB文件已经有7人回复
【求助】关于LAMMPS建模已经有9人回复
经过MS模型导入到LAMMPS，在运算时出现的错误求助已经有22人回复
dump出文件显示问题已经有16人回复
lammps文件可视化问题已经有14人回复
求助一段批量处理文件的shell脚本已经有4人回复
关于VMD可视化的问题已经有5人回复

1楼2015-05-12 15:39:23

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

alundilong

木虫 (正式写手)

应助: 129 (高中生)
金币: 2019.1
红花: 18
帖子: 309
在线: 56小时
虫号: 595468
注册: 2008-09-08
性别: GG
专业: 传热传质学

【答案】应助回帖

引用回帖:

6楼: Originally posted by po390 at 2015-10-21 07:05:50
问题不太好解决，因为data文件的拓扑信息不足，而且因为我不是用VMD建模的，所以我也缺乏psf文件。
但我试了下，用VMD建模，直接生成psf文件与data文件，生成lammps轨迹文件后，先加载psf文件，再加载轨迹文件（可 ...

关于周期边界可以尝试：
pbc wrap -compound res -all -shiftcenterrel {0 0 0}
pbc box