应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » VMD与lammpstrj文件
51/1返回列表
查看: 4274  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

po390

金虫 (小有名气)

[求助] VMD与lammpstrj文件 已有2人参与

我VMD导入用LAMMPS生成的lammpstrj文件时，分子之间的成建情况十分混乱（如下图），请教各位有什么好的解决方法吗？

VMD与lammpstrj文件
BV83]C2M}C_PC(]T8T5S$@P.png
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2015-05-12 15:39:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

po390

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by haiyuntianya at 2015-10-03 19:08:24
楼主问题解决了吗？据我所知好像是要先加载psf的吧，但是周期性边界条件问题怎么解决？

问题不太好解决，因为data文件的拓扑信息不足，而且因为我不是用VMD建模的，所以我也缺乏psf文件。
但我试了下，用VMD建模，直接生成psf文件与data文件，生成lammps轨迹文件后，先加载psf文件，再加载轨迹文件（可以让lammps生成dcd文件），在line的模式下分子成键就不会混乱。如果没有psf文件，那就不好解决了。
关于周期边界的问题，我没有遇到，我觉得只要解决psf文件的问题，将初始构型定好，应该不会有太大问题。
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2015-10-21 21:05:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答

赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)
楼主的问题解决了没有呢？我也遇到同样的问题了
赞一下 回复此楼
2楼2015-07-24 09:23:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

feeather

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

引用回帖:
2楼: Originally posted by 赵红霞 at 2015-07-24 09:23:26
楼主的问题解决了没有呢？我也遇到同样的问题了

简单看一下vmd的手册吧。在graphics→representations下具体调整。

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
3楼2015-07-24 22:51:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

po390

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by feeather at 2015-07-24 22:51:15
简单看一下vmd的手册吧。在graphics→representations下具体调整。
...

感谢你的回复，回复的有点晚，不好意思！我知道在将原子显示调成VDW之后，分子键的显示就不会混乱。但我想解决的是，如何在line的模式下分子键不会显示混乱，更确切的说是读取lammps轨迹文件时可以读取到轨迹文件的分子成建信息和拓扑结构信息，是否需要加载类似psf的文件？
赞一下 回复此楼
4楼2015-09-28 15:52:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜？ +6 Ldrop2023 2026-08-13 6/300 2026-08-15 10:09 by tuanggou
[基金申请] filecode +7 cratir 2026-08-14 11/550 2026-08-15 06:19 by 学员8dgXkO
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 7lpolszZVXgi 2026-08-14 5/250 2026-08-15 04:41 by 4wMiSEwB6436
[找工作] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 k0dTPqJtl0jt 2026-08-14 4/200 2026-08-15 02:21 by 4wMiSEwB6436
[基金申请] 小木虫上这么多卖论文的，真有人买论文么？感觉没必要啊 +11 Tide man 2026-08-10 12/600 2026-08-15 02:12 by home3163
[基金申请] 咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否 +7 启萌科技 2026-08-12 22/1100 2026-08-14 23:45 by Noways
[基金申请] 是这周出结果还是下周出结果？ +4 yuleib84 2026-08-11 4/200 2026-08-14 23:05 by lfy8008
[基金申请] 奇怪，两个人的filecode固定段从头到尾一模一样 +8 布布和一二 2026-08-10 11/550 2026-08-14 14:58 by Equinoxhua
[基金申请] 我的国基提前知道中了，可是同事的操作让我实在接受不了，怎么会有这样的人 +10 家与远方 2026-08-10 15/750 2026-08-14 02:08 by 绵羊哥哥
[基金申请] 关于Filecode分析方法 +9 majunge000 2026-08-10 12/600 2026-08-13 23:20 by iwuli
[文学芳草园] 阿姨 +4 汪汪锅 2026-08-09 4/200 2026-08-13 19:43 by arzu_hma
[硕博家园] 一作与独作在应聘高校教师时区别大吗 +3 mbygzh 2026-08-08 4/200 2026-08-13 19:31 by 龙-樱
[基金申请] 重要来源：本周末出结果 +10 瞬息宇宙 2026-08-12 10/500 2026-08-13 15:46 by likettle
[基金申请] Filecode 又变了，巨变 +3 WH3796 2026-08-12 4/200 2026-08-13 14:13 by 小木虫6752397
[基金申请] 结合人工智能，周易传统文化，filecode打分制来了，3分以上希望很大。 +3 Tide man 2026-08-12 4/200 2026-08-13 08:35 by ZJTJZ
[基金申请] 2019年青年基金涵评意见，大家看看几个A，几个B? +11 Tide man 2026-08-11 11/550 2026-08-13 07:35 by 撸猫猫
[基金申请] 为什么网上很多人说本周 12号出结果 +6 瞬息宇宙 2026-08-10 7/350 2026-08-11 19:25 by Tide man
[基金申请] 国自然结果 +4 Vierhys 2026-08-10 8/400 2026-08-10 15:06 by Vierhys
[基金申请] 据悉今年马上要出结果了 +7 瞬息宇宙 2026-08-10 8/400 2026-08-10 12:42 by Vivilian
[基金申请] 这样的filecode谁见过 +11 布布和一二 2026-08-08 22/1100 2026-08-10 11:10 by wmfsnow
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭