24小时热门版块排行榜    

查看: 4326  |  回复: 8

po390

金虫 (小有名气)

[求助] VMD与lammpstrj文件 已有2人参与

我VMD导入用LAMMPS生成的lammpstrj文件时,分子之间的成建情况十分混乱(如下图),请教各位有什么好的解决方法吗?

VMD与lammpstrj文件
BV83]C2M}C_PC(]T8T5S$@P.png
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

楼主的问题解决了没有呢?我也遇到同样的问题了
2楼2015-07-24 09:23:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

feeather

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

引用回帖:
2楼: Originally posted by 赵红霞 at 2015-07-24 09:23:26
楼主的问题解决了没有呢?我也遇到同样的问题了

简单看一下vmd的手册吧。在graphics→representations下具体调整。

[ 发自小木虫客户端 ]
3楼2015-07-24 22:51:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

po390

金虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by feeather at 2015-07-24 22:51:15
简单看一下vmd的手册吧。在graphics→representations下具体调整。
...

感谢你的回复,回复的有点晚,不好意思!我知道在将原子显示调成VDW之后,分子键的显示就不会混乱。但我想解决的是,如何在line的模式下分子键不会显示混乱,更确切的说是读取lammps轨迹文件时可以读取到轨迹文件的分子成建信息和拓扑结构信息,是否需要加载类似psf的文件?
4楼2015-09-28 15:52:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

haiyuntianya

铁虫 (小有名气)

楼主问题解决了吗?据我所知好像是要先加载psf的吧,但是周期性边界条件问题怎么解决?

发自小木虫Android客户端
5楼2015-10-03 19:08:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

po390

金虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by haiyuntianya at 2015-10-03 19:08:24
楼主问题解决了吗?据我所知好像是要先加载psf的吧,但是周期性边界条件问题怎么解决?

问题不太好解决,因为data文件的拓扑信息不足,而且因为我不是用VMD建模的,所以我也缺乏psf文件。
但我试了下,用VMD建模,直接生成psf文件与data文件,生成lammps轨迹文件后,先加载psf文件,再加载轨迹文件(可以让lammps生成dcd文件),在line的模式下分子成键就不会混乱。如果没有psf文件,那就不好解决了。
关于周期边界的问题,我没有遇到,我觉得只要解决psf文件的问题,将初始构型定好,应该不会有太大问题。
6楼2015-10-21 21:05:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

alundilong

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by po390 at 2015-10-21 07:05:50
问题不太好解决,因为data文件的拓扑信息不足,而且因为我不是用VMD建模的,所以我也缺乏psf文件。
但我试了下,用VMD建模,直接生成psf文件与data文件,生成lammps轨迹文件后,先加载psf文件,再加载轨迹文件(可 ...

关于周期边界可以尝试:
pbc wrap -compound res -all -shiftcenterrel {0 0 0}
pbc box
7楼2015-10-21 22:30:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

记忆的拾荒者

新虫 (初入文坛)

想问一下 如果是用ms建完模型后 怎么用vmd 观察呢
8楼2016-10-17 19:42:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

guozhijing

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 记忆的拾荒者 at 2016-10-17 19:42:50
想问一下 如果是用ms建完模型后 怎么用vmd 观察呢

保存为pdb格式就可以

发自小木虫Android客户端
人生最精彩的不是实现梦想的瞬间,而是坚持梦想的过程
9楼2016-10-19 11:15:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 po390 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[文学芳草园] 梦想 +5 myrtle 2026-08-26 7/350 2026-09-01 15:18 by myrtle
[基金申请] 学科评审组评审是指会评吗? +4 瞬息宇宙 2026-08-31 4/200 2026-09-01 14:58 by jiaoxg
[基金申请] 面上函评意见出来了,像什么等级? 20+4 Tsingking1 2026-08-27 15/750 2026-09-01 12:23 by icm639
[基金申请] 国社科又开始会评了,不知道这次命运如何 +7 雨打竹帘 2026-08-30 11/550 2026-08-31 23:16 by hittle2008
[基金申请] 基金未中,这种答复是模板吗? +6 zhaosm1982 2026-08-27 7/350 2026-08-31 21:18 by qdxxmc
[基金申请] 哪位高人中了,把查询到的截图贴出来让我看看,让我长长见识 +6 yuleib84 2026-08-26 7/350 2026-08-31 19:46 by 鱼翔浅底1
[基金申请] 有没有仍没收到信息的 +7 德尚中行 2026-08-27 8/400 2026-08-30 20:52 by purplejack
[考博] 找导师 +6 yuanjiabao 2026-08-29 7/350 2026-08-30 14:40 by 生科新手
[基金申请] 我就是申请一个面上项目而已,这评审意见是按照杰青的条件评的吧? +6 gouxfjh 2026-08-28 11/550 2026-08-30 07:57 by gouxfjh
[基金申请] 国自然面上复盘~欢迎讨论 (金币+15) +15 晴天加油 2026-08-26 16/800 2026-08-29 18:28 by symmetry
[基金申请] 国自然评审意见 +13 wangmingqi 2026-08-28 19/950 2026-08-29 10:22 by Poppy1104
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +4 bud_bud 2026-08-27 7/350 2026-08-29 07:23 by foolishmani
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+4 winsaint 2026-08-27 9/450 2026-08-28 11:06 by maolC
[基金申请] 看板上这么多中的,有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +5 a089 2026-08-26 6/300 2026-08-27 14:05 by jonewore
[基金申请] 2026年8月25日国自然放榜前突然收到列入评审专家邮件,有关系吗? +25 木水思豆 2026-08-25 28/1400 2026-08-26 14:53 by draco1987
[基金申请] 出来了 +9 trojank 2026-08-26 9/450 2026-08-26 14:25 by 宝贝虫子
[基金申请] 为什么国自然不能直接公布 +4 bjdxyxy 2026-08-26 4/200 2026-08-26 13:12 by qingmu1201
[基金申请] 系统进不去 +4 yanglien 2026-08-26 5/250 2026-08-26 11:10 by wenfengw83
[基金申请] 项目信息和经费信息在系统里都可以看到了 +6 wittyboy 2026-08-26 14/700 2026-08-26 10:55 by wittyboy
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
信息提示
请填处理意见