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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 截断半径的选取
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十年磨练

木虫 (正式写手)

[求助] 截断半径的选取 已有2人参与

大家好，在此向大家请教一个困扰我很久的一个问题——截断半径的选取

大家在进行MD模拟时，对阶段半径的选取都有什么样的标准和原则？
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时刻保持虚心学习的态度
1楼 2015-04-21 09:27:07
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十年磨练

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by smutao at 2015-04-21 10:05:41
一般12到15够了 取的越大计算量就越大

哦，我计算的是小分子体系 也是这样吗？ 能不能设置小于10埃。如果盒子大小一般是边长为40左右的盒子，那么截断半径去多少合适呀？
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时刻保持虚心学习的态度
5楼2015-04-21 21:30:57
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smutao

禁虫 (著名写手)
★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
十年磨练(月只蓝代发): 金币+3, 感谢指导 2015-04-21 14:14:23
本帖内容被屏蔽
2楼2015-04-21 10:05:41
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leijincheng

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
十年磨练(abinitio代发): 金币+2, 鼓励交流. 正解 2015-04-22 07:34:18
1.基本原则，不能大于盒子最小尺寸的一半；

2.用简单的势函数，例如LJ或者修正的LJ一般用12都已经很大了，复杂一点的势函数有些规定了不用自己设置，有些需要自己设置，10差不多
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一起面对？
3楼2015-04-21 15:01:22
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十年磨练

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by leijincheng at 2015-04-21 15:01:22
1.基本原则，不能大于盒子最小尺寸的一半；

2.用简单的势函数，例如LJ或者修正的LJ一般用12都已经很大了，复杂一点的势函数有些规定了不用自己设置，有些需要自己设置，10差不多

你说的单位是埃吧，一般你都是设多大呀？
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时刻保持虚心学习的态度
4楼2015-04-21 18:37:09
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